Introducción: La enfermedad inflamatoria intestinal (EII), que incluye la enfermedad de Crohn (EC) y la colitis ulcerosa (CU), es un grupo de patologías complejas caracterizadas por una marcada heterogeneidad clínica, molecular, inmunológica, genética y microbiológica. Aunque los tratamientos actuales, especialmente los biológicos y los inhibidores de janus quinasas (JAK), son efectivos en la inducción de remisión clínica y en el control de la inflamación, aproximadamente un tercio de los pacientes no responde a estas terapias. Esto subraya la necesidad de identificar biomarcadores predictivos que permitan personalizar los tratamientos y mejorar los resultados clínicos.

Métodos: Se llevó a cabo un enfoque multiómico para identificar biomarcadores asociados con la respuesta terapéutica en la EII. Se analizaron 57 pacientes con EC activa y 70 pacientes con CU activa antes y después de 14 semanas de tratamiento con anti-TNF, ustekinumab, vedolizumab o tofacitinib. La respuesta se evaluó mediante criterios endoscópicos, clasificando a los pacientes como respondedores o no respondedores. Se analizaron muestras de suero, orina, vesículas extracelulares séricas, biopsias intestinales y heces mediante secuenciación de ARN, cromatografía líquida-espectrometría de masas, resonancia magnética nuclear y secuenciación del gen 16S rRNA.

Resultados: Se identificaron diversos ARNm, proteínas y metabolitos relacionados con la respuesta terapéutica. En tejido intestinal, el análisis de expresión génica mostró diferencias significativas entre pacientes con CU respondedores y no respondedores a vedolizumab. El análisis proteómico de vesículas extracelulares séricas y tejido intestinal mostró proteínas diferencialmente expresadas entre los grupos estudiados. El análisis metabolómico reveló la desregulación de 24 lipoproteínas séricas en pacientes con EC respondedores a ustekinumab en comparación con los no respondedores. Además, el análisis de vías metabólicas identificó un enriquecimiento significativo en el metabolismo de cetonas y butirato, la actividad de la cadena de transporte de electrones mitocondrial, la síntesis de carnitina y la oxidación de ácidos grasos. Por último, el análisis metagenómico reveló diferencias en la composición microbiana en pacientes con CU respondedores a anti-TNF frente a los no respondedores.

Conclusiones: El enfoque multiómico realizado identificó potenciales biomarcadores capaces de predecir la respuesta terapéutica a biológicos e inhibidores JAK en pacientes con EII. Sin embargo, será necesario realizar futuros estudios para validar estos hallazgos y determinar su aplicabilidad clínica. La integración de resultados de las diferentes ómicas representa un reto importante, pero podría proporcionar una visión más holística de la enfermedad y abrir nuevas oportunidades para la detección de biomarcadores mediante el uso de paneles multiparamétricos.