Regístrese
Buscar en
Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica
Toda la web
Inicio Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica Propuesta de un panel MIRU-VNTR 5 para el tamizaje de aislamientos clínicos de ...
Información de la revista
Vol. 33. Núm. 9.
Páginas 609-612 (Noviembre 2015)
Compartir
Compartir
Descargar PDF
Más opciones de artículo
Visitas
2676
Vol. 33. Núm. 9.
Páginas 609-612 (Noviembre 2015)
Original breve
DOI: 10.1016/j.eimc.2014.10.010
Acceso a texto completo
Propuesta de un panel MIRU-VNTR 5 para el tamizaje de aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis en México
Proposal of a five MIRU-VNTR panel to screen clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis in Mexico
Visitas
2676
Enrique Bolado-Martíneza,
Autor para correspondencia
ebolado@guayacan.uson.mx

Autor para correspondencia.
, Maria del Carmen Candia-Platab, Roberto Zenteno-Cuevasc, Fabiola Mendoza Damiánd, Magali Avilés-Acostae, Gerardo Álvarez-Hernándezb
a Departamento de Ciencias Químico Biológicas, Universidad de Sonora, Hermosillo, Sonora, México
b Departamento de Medicina, Universidad de Sonora, Hermosillo, Sonora, México
c Instituto de Salud Pública, Universidad Veracruzana, Xalapa, Veracruz, México
d Laboratorio Estatal de Salud Pública del Estado de México, Toluca, México
e Laboratorio Estatal de Salud Pública, Hermosillo, Sonora, México
Este artículo ha recibido
2676
Visitas
Información del artículo
Resumen
Texto completo
Bibliografía
Descargar PDF
Estadísticas
Figuras (1)
Tablas (1)
Tabla 1. Loci MIRU-VNTR que presentaron mayor diversidad alélica en 65 aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis de México
Resumen
Introducción

La tuberculosis es un problema de salud pública que se distribuye de forma diferenciada en regiones de México. El presente trabajo propone un panel, con el mínimo número de MIRU-VNTR (mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeats), para la diferenciación preliminar de aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis).

Método

Se realizó el panel completo de 24 MIRU-VNTR a 65 aislamientos clínicos de M. tuberculosis provenientes de diferentes regiones geográficas de México.

Resultados

Se presenta un panel de cinco loci MIRU-VNTR para discriminar aislamientos clínicos de M. tuberculosis de tres diferentes regiones geográficas de México.

Conclusiones

La utilización del panel MIRU-VNTR 5 podría utilizarse como tamizaje durante la caracterización genotípica de aislamientos clínicos de M. tuberculosis en México.

Palabras clave:
Mycobacterium tuberculosis
MIRU-VNTR
México
Abstract
Introduction

Tuberculosis is a public health problem across Mexico. This paper aims to select a panel, with a minimum number of repetitive elements (MIRU-VNTR) for genotypic characterization of Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) clinical isolates.

Method

In this study, a full panel of 24 MIRU-VNTR loci was used to discriminate 65 clinical isolates of M. tuberculosis from three different geographical regions of Mexico. Those loci with the highest discriminatory power were subsequently selected.

Results

The panel, including five loci, was obtained by selecting the highest values of allelic diversity among the genotypes obtained. The dendrogram, generated by the panel MIRU-VNTR 5, showed a high discriminatory power with 65 unique genotype profiles and formed clusters according to the geographical region of origin.

Conclusions

The panel MIRU-VNTR 5 can be useful for characterizing clinical isolates of M. tuberculosis in Mexico.

Keywords:
Mycobacterium tuberculosis
MIRU-VNTR
Mexico
Texto completo
Introducción

La tuberculosis (TB) es un problema de salud pública en México. La intensa migración poblacional entre distintas regiones de México podría favorecer la diseminación de cepas de Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis). No obstante lo anterior, las diferentes regiones presentan distintos patrones de incidencia de TB. Por ejemplo, en el año 2010 Sonora, ubicada en la región noroeste del país y en colindancia con los Estados Unidos de Norteamérica, ocupó el 4.° lugar en incidencia de TB (31,2/100.000); por otro lado Veracruz, en el sudeste del país (aproximadamente a 2.500km de Sonora), ocupó la séptima posición con una incidencia de 26,7/100.000. Finalmente, el Estado de México, ubicado en el centro del país (a 2.000km de Sonora y 450km de Veracruz) se ubicó en el penúltimo lugar de incidencia de TB (5,1/100.000)1. Debe realizarse un esfuerzo importante en México para conocer mejor la distribución y los patrones de diseminación geográfica de las cepas de M. tuberculosis. Para lograr esto, es necesario simplificar los métodos moleculares para incrementar su uso sistemático.

El análisis de 24 loci MIRU-VNTR (mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeats) es un método de alta resolución para la genotipificación rápida de aislamientos de M. tuberculosis, no obstante, algunos estudios han mostrado que las combinaciones con un número menor de loci presentan un menor poder discriminatorio que el panel estándar de 24 loci2, sin embargo los formatos con pocos elementos MIRU-VNTR podrían ser de gran utilidad para el tamizaje de los aislamientos clínicos3. En este estudio se presenta un panel de cinco loci MIRU-VNTR seleccionados por su poder para discriminar adecuadamente una muestra poblacional de aislamientos de M. tuberculosis procedentes de tres diferentes regiones de México. El uso de este panel MIRU-VNTR para el tamizaje de aislamientos clínicos de M. tuberculosis, brindaría la posibilidad de optimizar recursos y estudiar con más precisión aspectos epidemiológicos de la TB en México.

Método

Se utilizaron 65 aislamientos de M. tuberculosis, sin caracterización genotípica previa, recuperados entre 2006 y 2010 de residentes de tres diferentes regiones geográficas: Estado de México (n=20), Sonora (n=27) y Veracruz (n=18). Todos los aislamientos fueron identificados por métodos fenotípicos (pruebas bioquímicas convencionales) y genotípicos (gyrB-RFLP y RD12)4-6.

En Sonora, el ADN genómico de los aislamientos se obtuvo como se describió previamente7. En los aislamientos provenientes del Estado de México y Veracruz, el ADN se obtuvo mediante un procedimiento que involucra la utilización del detergente CTAB8.

Para la genotipificación, se amplificaron los 24 loci MIRU-VNTR en reacciones de PCR individuales, utilizando los iniciadores y las condiciones descritos en estudios previos2,9. Posteriormente el tamaño de las bandas se determinó mediante el programa TotalLab TL100 (Nonlinear Dynamics, Ltd., United Kingdom). Los dendrogramas fueron generados por el método UPGMA y el coeficiente de correlación de Pearson en el programa Bionumerics versión 6.5 (Applied Maths, Belgium). La diversidad alélica (h) de cada locus fue calculada como se ha descrito previamente10; a partir de los resultados se seleccionaron los loci con mayor diversidad alélica para formar un panel de 5 loci MIRU-VNTR y así generar un nuevo dendrograma.

De los 24 elementos repetitivos analizados, se utilizaron los resultados de 12 loci MIRU para generar los códigos MIT y cinco VNTR, para obtener los respectivos códigos VIT, los mismos que fueron capturados en la base de datos SITVIT11.

Resultados

Al realizar el análisis genotípico de los 65 aislamientos clínicos de M. tuberculosis incluidos en este estudio, se observaron 65 genotipos, uno específico por cada aislamiento. Los loci que presentaron mayor diversidad alélica entre los 65 aislamientos, fueron QUB 26 (0,85), Mtub 04 (0,79), QUB 11b, MIRU 26 y MIRU 40 (tabla 1) y por esta razón fueron seleccionados para formar el panel MIRU-VNTR 5. Con este panel acortado, los 65 genotipos identificados con el panel MIRU-VNTR 24, formaron 9 grandes grupos relacionados casi exclusivamente, de acuerdo a cada una de las tres regiones geográficas de México estudiadas (fig. 1).

Tabla 1.

Loci MIRU-VNTR que presentaron mayor diversidad alélica en 65 aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis de México

MIRU locus  Variabilidad alélicaDiversidad alélica 
  10  11   
Estado de México
QUB26          0,85 
Mtub 4            0,79 
QUB 11b              0,76 
MIRU 40                0,76 
MIRU 26                0,69 
Veracruz
QUB 26            0,84 
Mtub 4            0,82 
MIRU 26            0,82 
QUB 11b              0,79 
MIRU 40            0,74 
Sonora
QUB 26        0,82 
Mtub 4            0,82 
MIRU 40              0,79 
MIRU 26              0,76 
QUB 11b    11          0,76 
Figura 1.

Dendrograma generado, utilizando MIRU-VNTR 5, para la cepa H37Rv y 65 aislamientos clínicos, provenientes del Estado de México, Sonora y Veracruz.

(1,19MB).

La búsqueda de los patrones 24-loci MIRU-VNTR en la base de datos SITVIT no arrojó resultados favorables, ya que no fue posible identificar similitudes ni asignar códigos MIT para 64 de los aislamientos clínicos (fig. 1). Solamente el aislamiento C-102 pudo asignarse al clado X2. Al introducir el código VIT, se obtuvieron códigos para 27 de los aislamientos (fig. 1), tres aislamientos fueron clasificados como huérfanos y el resto no pudo ser clasificado, al no encontrarse cepas registradas que compartieran los códigos obtenidos para estos aislamientos clínicos.

Discusión

La genotipificación mediante MIRU-VNTR es útil para identificar perfiles genotípicos microbianos pertenecientes a una misma región geográfica12. Por esta razón, en diversas regiones del mundo se realizan investigaciones para identificar los loci MIRU-VNTR con mayor poder de discriminación3. En este estudio, se encontró que el desempeño de un panel MIRU-VNTR con cinco loci, fue comparable al panel estándar MIRU-VNTR 24 en la discriminación de 65 aislamientos clínicos de M. tuberculosis provenientes de los estados mexicanos de Sonora, Estado de México y Veracruz.

Un estudio reciente realizado en México con el panel 12 loci MIRU-VNTR también demostró gran variabilidad alélica en 109 aislamientos clínicos obtenidos de 23 estados de México13.

Respecto a los loci con mayor poder discriminatorio (tabla 1) elegidos para formar el panel MIRU-VNTR 5, reportes provenientes de países latinoamericanos demostraron que dos de estos loci, MIRU 26 y MIRU 40, son de los más polimórficos y tienen un elevado poder de discriminación14,15. En regiones geográficamente muy distantes de Latinoamérica, como Eurasia, el locus MIRU26 también tuvo un poder de discriminación alto en cepas de MTB aisladas en Rusia16.

No se detectó la presencia de aislados idénticos (100% de similitud); esto podría deberse a la probablemente alta variabilidad alélica de las cepas de M. tuberculosis presentes en México. No obstante, el panel con cinco loci MIRU-VNTR propuesto en el presente trabajo (QUB 26, Mtub 04, QUB 11b, MIRU 26 y MIRU 40) tiene un buen poder de discriminación para los aislamientos clínicos de MTB de las tres regiones geográficas de México estudiadas (estado de México, Sonora y Veracruz), por lo que su empleo ayudaría a diferenciar presuntivamente el origen de las cepas de MTB de estas tres regiones geográficas y posiblemente de otras áreas del país.

Si bien, análisis posteriores con un número más grande de aislamientos permitirán fortalecer el valor de los hallazgos presentados en este trabajo, estos resultados permiten mostrar la utilidad del panel propuesto como un panel tamiz, no para sustituir MIRU 24, sino para utilizarlo en análisis preliminares de los aislamientos micobacterianos

Financiación

Este trabajo fue apoyado por «Apoyo a la Incorporación de Nuevos PTC», convocatoria 2010 y «Fortalecimiento de los Cuerpos Académicos», convocatoria 2011, del Programa para el Mejoramiento del Profesorado (PROMEP) de México.

Conflicto de intereses

Los autores declaran no tener ningún conflicto de intereses.

Agradecimientos

Los autores desean agradecer la invaluable participación de la M. en C. Ansix Pérez-Mendoza, Q. B. C. María Georgina Ortiz-Arballo y la Q. B. C. Esmeralda Guadalupe Urías-Cázares en la caracterización genotípica de los aislamientos.

Bibliografía
[1]
Secretaría de Salud. Perfil epidemiológico de la tuberculosis en México. México D.F.: 2012. SINAVE/DGE/SALUD [consultado mayo 2014]. Disponible en: http://www.epidemiologia.salud.gob.mx/doctos/infoepid/publicaciones/2012/Monografias5_Tuberculosis_Mex_junio12.pdf.
[2]
P. Supply, C. Allix, S. Lesjean, M. Cardoso-Oelemann, S. Rüsch-Gerdes, E. Willery, et al.
Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis.
J Clin Microbiol, 44 (2006), pp. 4498-4510
[3]
R.X. Liu, Q.Z. Li, L.L. Xing, Z. Peng, C.M. Zhu, Z.H. Yang.
Genotyping of clinical Mycobacterium tuberculosis isolates based on eight loci of MIRU-VNTR.
Int J Tuberc Lung Dis, 17 (2013), pp. 243-245
[4]
E. Chimara, L. Ferrazoli, S.C. Leão.
Mycobacterium tuberculosis complex differentiation using gyrB-restriction fragment length polymorphism analysis.
Mem Inst Oswaldo Cruz, 99 (2004), pp. 745-748
[5]
R.C. Huard, L.C. Lazzarini, W.R. Butler, D. van Soolingen, J.L. Ho.
PCR-based method to differentiate the subspecies of the Mycobacterium tuberculosis complex on the basis of genomic deletions.
J Clin Microbiol, 41 (2003), pp. 1637-1650
[6]
S. Niemann, D. Harmsen, S. Rüsch-Gerdes, E. Richter.
Differentiation of clinical Mycobacterium tuberculosis complex isolates by gyrB DNA sequence polymorphism analysis.
J Clin Microbiol, 38 (2000), pp. 3231-3234
[7]
E. Bolado-Martínez, A. Pérez-Mendoza, F.M. Alegría-Morquecho, M.C. Candia-Plata, M.R. Aguayo-Verdugo, G. Álvarez-Hernández.
Mutaciones asociadas con resistencia a rifampicina o isoniazida en aislamientos clínicos de M. tuberculosis de Sonora, México.
Salud Publica Mex, 54 (2012), pp. 167-170
[8]
W. Somerville, L. Thibert, K. Schwartzman, M.A. Behr.
Extraction of Mycobacterium tuberculosis DNA: a question of containment.
J Clin Microbiol, 43 (2005), pp. 2996-2997
[9]
K.M. Kam, C.W. Yip, L.W. Tse, K.L. Wong, T.K. Lam, K. Kremer, et al.
Utility of mycobacterial interspersed repetitive unit typing for differentiating multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates of the Beijing family.
J Clin Microbiol, 43 (2005), pp. 306-313
[10]
Y.J. Sun, R. Bellamy, A.S. Lee, S.T. Ng, S. Ravndran, S.Y. Wong, et al.
Use of Mycobacterial interspersed repetitive unit–variable-number tandem repeat typing to examine genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Singapore.
J Clin Microbiol, 42 (2004), pp. 1986-1993
[11]
C. Demay, B. Liens, T. Burguiere, V. Hill, D. Couvin, J. Millet, et al.
SITVITWEB–a publicly available international multimarker database for studying Mycobacterium tuberculosis genetic diversity and molecular epidemiology.
Infect Genet Evol, 12 (2012), pp. 755-766
[12]
N. Alonso-Rodriguez, M. Martínez-Lirola, M.L. Sánchez, M. Herranz, T. Peñafiel, M. Bonillo, et al.
Prospective universal application of mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat genotyping to characterize Mycobacterium tuberculosis isolates for fast identification of clustered and orphan cases.
J Clin Microbiol, 47 (2009), pp. 2026-2032
[13]
A. Martinez-Guarneros, N. Rastogi, D. Couvin, A. Escobar-Gutierrez, L.M. Rossi, C.A. Vazquez-Chacon, et al.
Genetic diversity among multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains in Mexico.
Infect Genet Evol, 14 (2013), pp. 434-443
[14]
I. Cerezo, Y. Jiménez, J. Hernandez, T. Zozio, M.I. Murcia, N. Rastogi.
A first insight on the population structure of Mycobacterium tuberculosis complex as studied by spoligotyping and MIRU-VNTRs in Bogotá, Colombia.
Infect Genet Evol, 12 (2012), pp. 657-663
[15]
E.N. Noguti, C.Q. Leite, A.C. Malaspina, A.C. Santos, R.D. Hirata, E.M. Mamizuka, et al.
Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates from a low-endemic setting in northwestern state of Paraná in Southern Brazil.
Mem Inst Oswaldo Cruz, 105 (2010), pp. 779-785
[16]
M.V. Afanas’ev, L.N. Ikryannikova, E.N. Il’ina, A.V. Kuz’min, E.E. Larionova, T.G. Smirnova, et al.
Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis circulated in Moscow, Russian Federation.
Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 30 (2011), pp. 181-191
Copyright © 2014. Elsevier España, S.L.U. y Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica
Opciones de artículo
Herramientas
es en pt

¿Es usted profesional sanitario apto para prescribir o dispensar medicamentos?

Are you a health professional able to prescribe or dispense drugs?

Você é um profissional de saúde habilitado a prescrever ou dispensar medicamentos

es en pt
Política de cookies Cookies policy Política de cookies
Utilizamos cookies propias y de terceros para mejorar nuestros servicios y mostrarle publicidad relacionada con sus preferencias mediante el análisis de sus hábitos de navegación. Si continua navegando, consideramos que acepta su uso. Puede cambiar la configuración u obtener más información aquí. To improve our services and products, we use "cookies" (own or third parties authorized) to show advertising related to client preferences through the analyses of navigation customer behavior. Continuing navigation will be considered as acceptance of this use. You can change the settings or obtain more information by clicking here. Utilizamos cookies próprios e de terceiros para melhorar nossos serviços e mostrar publicidade relacionada às suas preferências, analisando seus hábitos de navegação. Se continuar a navegar, consideramos que aceita o seu uso. Você pode alterar a configuração ou obter mais informações aqui.