A look at DFNB16 markers and their application in the genetic study of hearing loss in Iranian deaf families

Abstract

Introduction

The study of the gene encoding stereocilin (STRC) is complicated by the presence of a pseudogene (STRCP1) with over 98.8% similarity. We analysed the linkage between hearing loss and the DFNB16 locus in consanguineous Iranian deaf families.

Materials and methods

A review of previous studies on the DFNB16 locus was conducted to find the smallest regions linked to the STRC gene with no reported crossing-overs, as well as an investigation of short tandem repeat (STR) and single nucleotide polymorphism (SNP) markers of the DFNB16 locus using the UCSC, NCBI, and Iranome databases. A total of 36 consanguineous families with at least two individuals affected by autosomal recessive non-syndromic hearing loss (ARNSHL) were selected for the study. Autozygosity mapping was performed using tag SNP markers linked to the DFNB16 locus.

Results

The investigation showed that SNPs are more appropriate for linkage studies in these families than STR markers. In this study, 12 distinct haplotypes were identified, with frequencies ranging from 3.1% to 21.8%. Based on the haplotype analysis results and the autozygosity mapping, no linkage was found in any families analysed.

Discussion

In genetic studies of deafness in multi-affected consanguineous families, preliminary screening by autozygosity mapping can be helpful, especially for complicated genes like STRC. If the distance between STRs and the gene under study is significant, SNPs can provide a more effective solution. This study can potentially help to develop a more cost-effective method for genetic testing of STRC-related deafness.

Resumen

Introducción

El estudio del gen que codifica la estereocilina (STRC) se complica por la presencia de un pseudogén (STRCP1) con más del 98,8% de similitud. Analizamos el vínculo entre la pérdida auditiva y el locus DFNB16 en familias sordas iraníes consanguíneas.

Materiales y métodos

Se realizó una revisión de estudios previos sobre el locus DFNB16 para encontrar las regiones más pequeñas vinculadas al gen STRC sin entrecruzamientos informados, así como una investigación de marcadores de repetición corta en tándem (STR) y polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) del locus DFNB16 utilizando las bases de datos UCSC, NCBI e Iranome. Se seleccionaron para el estudio un total de 36 familias consanguíneas con al menos dos individuos afectados por pérdida auditiva autosómica recesiva no sindrómica (ARNSHL). El mapeo de autocigosidad se realizó utilizando marcadores SNP de etiqueta que están vinculados al locus DFNB16.

Resultados

La investigación mostró que los SNP son más apropiados para los estudios de ligamiento en estas familias que los marcadores STR. En este estudio se identificaron 12 haplotipos distintos, con frecuencias que oscilaron entre el 3,1% y el 21,8%. Con base en los resultados del análisis de haplotipos y el mapeo de autocigosidad, no se encontró ligamiento en ninguna de las familias analizadas.

Discusión

En los estudios genéticos de la sordera en familias consanguíneas multiafectadas, La detección preliminar mediante mapeo de autocigosidad puede ser útil, especialmente para genes complicados como STRC. Si la distancia entre los STR y el gen en estudio es significativa, los SNP pueden proporcionar una solución más eficaz. Este estudio puede ayudar potencialmente a desarrollar un método más rentable para las pruebas genéticas de la sordera relacionada con STRC.