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Vol. 17. Núm. 1.
Páginas 18-26 (Enero - Junio 2016)
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Vol. 17. Núm. 1.
Páginas 18-26 (Enero - Junio 2016)
Special article
DOI: 10.1016/j.vacun.2016.03.001
Computational prediction of linear B-cell epitopes in the E5 oncoprotein of the human papillomavirus type 16 using several bioinformatics tools
Predicción computacional de epítopos de células B en la oncoproteína E5 del VPH-16 mediante el uso de diversas herramientas bioinformáticas
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J.F. Beltrán Lissabet
Department of Biochemistry, National Center for Scientific Research, Cubanacán, Havana City, Cuba
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Table 1. Prediction results of B-cell epitopes with ABCpred.
Table 2. Prediction results of B-cell epitopes with BCpred.
Table 3. Prediction results of B-cell epitopes with AAP.
Table 4. Prediction results of B-cell epitopes with FBCPRED.
Table 5. Prediction results of B-cell epitopes with SVMTriP.
Table 6. Prediction results of B-cell epitopes with BepiPred.
Table 7. Prediction results of B-cell epitopes with Parker hydrophobicity prediction.
Table 8. Prediction results of B-cell epitopes with Karplus & Schulz flexibility prediction.
Table 9. Prediction results of B-cell epitopes with Emini surface accessibility prediction.
Table 10. Prediction results of B-cell epitopes with lbtope_fixed_non_redundant (nonredundant dataset).
Table 11. Prediction results of B-cell epitopes with lbtope_variable_nonredundant (nonredundant dataset).
Table 12. Prediction results of B-cell epitopes with lbtop_confirm (confirm dataset).
Table 13. Prediction results of B-cell epitopes with lbtope_fixed (original dataset).
Table 14. Prediction results of B-cell epitopes with lbtope_variable (original dataset).
Table 15. Prediction results of B-cell epitopes with alpha helix/Levitt.
Table 16. Prediction results of B-cell epitopes with alpha helix/Chou and Fasman.
Table 17. Prediction results of B-cell epitopes with alpha helix/Deleage and Roux.
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Abstract

Human papillomavirus (HPV), one of the most common sexually transmitted infections worldwide, affects around 300 million new individuals each year. The HPV E5 gen appear to have coevolved with the major HPV oncogenes E6 and E7, and their presence in the viral genome correlates with risk of cancer. HPV-16 E5 is an oncoprotein with many functions during HPV-16 infection. The development of computational methods for epitope finding becomes an alternative to the wet experimental techniques, in order to save time and cost. In this work the bioinformatic tools: Predict Protein, BCPREDS (AAP, BCpreds and FBCPred), ABCpred, BepiPred, SVMTriP, LBtope, IEDB and LEPS were used in order to elucidate B-cell epitopes on HPV-16 E5. The HPV-16 E5 secondary structure was used to mapping the B-cell epitopes obtained in this study. A total of 202 B-cell epitopes and 44 B-cell epitopes with tumor activity were obtained with all together bioinformatics tools. Differences in ratio of these epitopes with the three α-helices of the secondary structure determined by Predict Protein were observed. The predicted epitopes in this study could facilitate the design of future therapeutic vaccines and the understanding of the immunological mechanisms of HPV-16.

Keywords:
HPV-16
E5
Oncoprotein
Cancer
B-cell
Vaccines
Resumen

El virus del papiloma humano (VPH) es una de las infecciones de transmisión sexual más comunes en todo el mundo, que afecta a unos 300 millones de personas cada año. El gen E5 del VPH parece haber coevolucionado con los principales oncogenes E6 y E7 y su presencia en el genoma viral se correlaciona con el riesgo de cáncer. VPH-16 E5 es una oncoproteína con muchas funciones durante la infección del VPH-16. El desarrollo de los métodos computacionales para el descubrimiento de epítopos se convierte en una alternativa a las técnicas experimentales húmedas, con el fin de ahorrar tiempo y costes. En este trabajo las herramientas bioinformáticas: Predict Protein, BCPREDS (AAP, BCpreds y FBCPred), ABCpred, BepiPred, SVMTriP, LBtope, IEDB y LEPS se utilizaron con el fin de elucidar epítopos de células B en la proteína E5 del VPH-16 (VPH-16 E5). La estructura secundaria de la VPH-16 E5 se utilizó para mapear los epítopos de células B predichos en este estudio. Un total de 202 epítopos de células B y 44 epítopos de células B con actividad tumoral se obtuvieron con todas las herramientas bioinformáticas en conjunto. Se observaron diferencias en la proporción de estos epítopos en las 3 α-hélices de la estructura secundaria determinada por Predict Protein. Los epítopos predichos en este estudio podrían facilitar el diseño de futuras vacunas terapéuticas y la comprensión de los mecanismos inmunológicos de VPH-16.

Palabras clave:
VPH-16
E5
Oncoproteína
Cáncer
Células B
Vacunas

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