External quality assessment for EGFR exon 20 mutation testing in patients with non-small cell lung cancer in Spain

Abstract

Introduction and aim

Non-small cell lung cancer (NSCLC) can arise from insertions in exon 20 of the EGFR gene, among other alterations. We carried out an external quality assessment (EQA) to evaluate the accuracy of laboratory methods and to highlight the importance of detecting and identifying genetic alterations, such as EGFR exon 20 insertion, in patients with NSCLC.

Materials and methods

The 2021 EGRF exon 20 EQA program consisted of two rounds, in which four formalin-fixed paraffin-embedded specimens (round 1: two positive for EGFR exon 20 insertions/duplications, one positive for a common EGFR alteration, and one wild-type; round 2: three positive for EGFR exon 20 insertions/duplications and one wild-type) obtained from patients with NSCLC were tested.

Results

Approximately 80% of the invited laboratories participated in each round. The most common DNA isolation techniques used were the cobas® DNA Sample Preparation Kit (46.7%) in round 1 and QIAamp (37.1%) in round 2. The most frequently used genotyping method in both rounds was the cobas® EGFR Mutation Test (round 1: 53.3%; round 2: 37.1%). In both rounds, 71.1% and 73.6% of the tests, respectively, reported the expected result. The lowest success rate was observed in the H773delinsRY Exon 20 determination (round 1: 17.8%; round 2: 31.4%). This alteration was correctly determined only by next-generation sequencing.

Conclusions

The variability in the genotyping methods and the success rate obtained in our study highlight the importance of EQA in Spain to ensure high performance.

Resumen

Introducción y objetivo

El cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) puede surgir de inserciones en el exón 20 del gen EGFR, entre otras alteraciones moleculares. El objetivo fue realizar un control de calidad externo (CCE) para evaluar la precisión de los métodos de laboratorio y resaltar la importancia de detectar e identificar alteraciones genéticas, como las inserciones en el exón 20 de EGFR, en pacientes con CPNM.

Materiales y métodos

El CCE de 2021 consistió en dos rondas con cuatro muestras fijadas en formalina e incluidas en parafina de pacientes con CPNM (ronda 1: dos con inserciones/duplicaciones del exón 20 de EGFR, una con una alteración común de EGFR y una wild-type; ronda 2: tres con inserciones/duplicaciones del exón 20 de EGFR y una wild-type).

Resultados

Aproximadamente el 80% de los laboratorios invitados participaron en cada ronda. Las técnicas de extracción de ADN más utilizadas fueron el kit cobas® (46,7%) en la ronda 1 y QIAamp (37,1%) en la ronda 2. El método de determinación del genotipo más utilizado fue la prueba cobas® EGFR (ronda 1: 53,3%; ronda 2: 37,1%). El 71,1% y 73,6% de las pruebas dieron el resultado esperado en las rondas 1 y 2, respectivamente. La menor tasa de éxito se encontró en la alteración del exón 20 H773delinsRY (ronda 1: 17,8%; ronda 2: 31,4%), correctamente identificada solo mediante secuenciación masiva.

Conclusiones

La variabilidad en los métodos de determinación del genotipo y la tasa de éxito obtenida destacan la necesidad de programas de CCE en España que garanticen la aplicación de técnicas más adecuadas.