Polymorphisms of apolipoprotein E in the Afro-descendant population of Buenaventura, Colombia

Abstract

Objetives

To estimate the frequency distribution, both allelic and genotypic, of the APOE gene in the Afro-descendant population of Buenaventura, Colombia.

Methods

Three hundred and forty-eight Afro-descendant individuals were analysed and the APOE locus was genotyped by PCR-RFLP. The allelic and genotypic frequencies were established by direct counting and the Hardy-Weinberg equilibrium was evaluated through χ² test. The frequencies obtained in this study were compared with frequencies reported for other Colombian populations through the Fisher's exact test.

Results

The following allelic frequencies were observed: E3, 70.8%; E4, 21.4%, and E2, 7.8%. The genotypic frequencies were: E3/E3, 51.1%; E3/E4, 27.3%; E2/E3, 12.1%; E4/E4, 6%; E2/E4, 3.5%, and E2/E2, 0%. The entire examined population was found in Hardy-Weinberg equilibrium (P = .074), and significant differences were found in the allele E4 when comparing this population with the Amerindian and mestizo populations of Bogotá, Quindío, Centro-Oriente, Valle del Cauca, Barranquilla and Medellín (P≤ 0.0345).

Conclusions

The allelic frequencies observed in this study were significantly different from the frequencies reported in other Colombian populations. The high representativeness of the E4 and E2 alleles validates the hypothesis that there are micro-evolutionary processes that have been acting on their frequencies and could be associated with susceptibility to neuropsychiatric diseases such as Alzheimer's disease, metabolic alterations of fats and/or coronary artery disease.

Resumen

Objetivos

Estimar la distribución de frecuencias tanto alélicas como genotípicas del gen APOE en la población afrodescendiente de Buenaventura, Colombia.

Métodos

Mediante la técnica de PCR-RFLP's se analizaron 348 individuos no relacionados de esta ciudad. Se realizó el cálculo de frecuencias alélicas y genotípicas y se evaluó el equilibrio de Hardy-Weinberg mediante la prueba de la χ². Se compararon las frecuencias alélicas obtenidas en el presente estudio con otras poblaciones de Colombia mediante el test exacto de Fisher.

Resultados

Se reportaron las siguientes frecuencias alélicas: E2, 7,8%; E3, 70,8%, y E4, 21,4%. Las frecuencias genotípicas fueron: E3/E3, 51,1%; E3/E4, 27,3%; E4/E4, 6%; E2/E3, 12,1%; E2/E4, 3,5%, y E2/E2, 0%. La población total se encontró en equilibrio de Hardy-Weinberg (p = 0,074), y se hallaron diferencias significativas en el alelo E4 al comparar esta población con las amerindias y mestizas de Bogotá, Quindío, Centro-Oriente, Valle del Cauca, Barranquilla y Medellín (p ≤ 0,0345).

Conlusiones

Las frecuencias alélicas observadas fueron significativamente diferentes de las frecuencias reportadas en otras poblaciones de Colombia. La alta representatividad de los alelos E4 y E2 validan la hipótesis de que hay procesos microevolutivos que han venido actuando en sus frecuencias y pueden estar asociadas con susceptibilidad a enfermedades neuropsiquiátricas como la enfermedad de Alzheimer, alteraciones metabólicas de las grasas y/o enfermedad coronaria.