Evaluation of the DNA microarray “AMR Direct Flow Chip Kit” for detection of antimicrobial resistance genes from Gram-positive and Gram-negative bacterial isolated colonies

Abstract

Introduction

The AMR Direct Flow Chip assay allows the simultaneous detection of a large variety of antibiotic resistance genetic markers. To assess this kit's performance, we use isolated colonies as starting material. The assay has been approved by the European Economic Area as a suitable device for in vitro diagnosis (CE IVD) using clinical specimens.

Methods

A total of 210 bacterial isolates harbouring either one or more antimicrobial resistance genes including plasmid-encoded extended-spectrum β-lactamases (SHV, CTX-M) and carbapenemases (GES, SME, KPC, NMC/IMI, SIM, GIM, SPM, NDM, VIM, IMP, and OXA), mecA, vanA and vanB, and 30 controls were included.

Results

The assay displayed a sensitivity and specificity of 100% for all target genes included in the array.

Conclusion

The AMR Direct Flow Chip Kit is an accurate assay for detecting genes which commonly confer resistance to β-lactams and vancomycin from isolated colonies in culture of Gram-positive and Gram-negative bacteria.

Resumen

Introducción

El ensayo «AMR Direct Flow Chip Kit» permite detectar simultáneamente la presencia de una gran variedad de marcadores genotípicos de resistencia bacteriana. Evaluamos su rendimiento utilizando colonias aisladas como material de partida. El ensayo aludido ha sido aprobado por el Área Económica Europea como un dispositivo adecuado para el diagnóstico in vitro (CE IVD) utilizando muestras clínicas.

Métodos

El estudio ha incluido 210 aislados bacterianos con uno o más genes de resistencia a los antimicrobianos, incluidos genes plasmídicos que codifican β-lactamasas de espectro extendido (SHV y CTX-M) y carbapenemasas (GES, SME, KPC, NMC/IMI, SIM, GIM, SPM, NDM, VIM, IMP y OXA), mecA, vanA y vanB, y 30 controles.

Resultados

El ensayo mostró una sensibilidad y especificidad del 100% para todos los genes diana incluidos en la matriz.

Conclusión

El «AMR Direct Flow Chip Kit» es un ensayo fiable para la detección de genes que comúnmente confieren resistencia a β-lactámicos y vancomicina en bacterias grampositivas y gramnegativas a partir de colonias aisladas en cultivo.