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Vol. 39. Núm. 6.
Páginas 276-278 (Junio - Julio 2021)
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Vol. 39. Núm. 6.
Páginas 276-278 (Junio - Julio 2021)
Original article
DOI: 10.1016/j.eimc.2020.05.015
Evaluation of the “AMR Direct Flow Chip Kit” DNA microarray for detecting antimicrobial resistance genes directly from rectal and nasopharyngeal clinical samples upon ICU admission
Evaluación de la micromatriz de ADN «AMR Direct Flow Chip Kit» para la detección de genes de resistencia antimicrobiana directamente de muestras clínicas rectales y nasofaríngeas en el momento del ingreso en la UCI
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Efthymia Protonotariou
Autor para correspondencia
protonotariou@gmail.com

Corresponding author.
, Georgios Meletis, Dimitra Papadopoulou, Melania Kachrimanidou, Lilian Toptsi, Lemonia Skoura
Department of Microbiology, AHEPA University Hospital, Thessaloniki, Greece
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Table 1. Degree of agreement of AMR and phenotypic methods.
Abstract
Introduction

Prompt detection of antibiotic resistance genes in healthcare institutions is of utmost importance in tackling the spread of multi-drug resistant micro-organisms. We evaluated the Antimicrobial Resistance (AMR) Direct Flow Chip Kit versus phenotypic screening assays for rectal and nasopharyngeal specimens upon ICU admission.

Methods

A total of 184 dual specimens (92 rectal and 92 nasopharyngeal swabs) from 92 patients were collected from 11/2017 to 8/2018. All swabs were subjected to both AMR and phenotypic tests according to their origin. The degree of agreement of the two methods was assessed by the kappa coefficient.

Results

The kappa coefficient showed perfect agreement for MRSA, ESBLs, oxacillinases and vancomycin resistance genes (1.000, p<0.01) and very good agreement for mecA-positive CoNS, KPC-carbapenemases and metallo-beta-lactamases (0.870, p<0.01; 0.864, p<0.01; and 0.912, p<0.01, respectively).

Conclusion

The AMR Direct Flow Chip Kit is a useful alternative to phenotypic testing for rapid detection of resistance markers.

Keywords:
DNA microarray
Genotypic resistance
Carbapenemases
ESBLs
mecA
MRSA
Resumen
Introducción

La detección rápida de genes de resistencia a antibióticos en instituciones de salud es de importancia extrema para abordar la propagación de microorganismos multi-resistentes. Evaluamos el Antimicrobial Resistance Direct Flow Chip (AMR) versus los ensayos de detección fenotípica para muestras rectales y nasofaríngeas al ingreso en la UCI.

Métodos

Se recogieron 184 muestras duales (92 rectales y 92 nasofaríngeos) de 92 pacientes durante 11/2017-8/2018. Todos los hisopos se sometieron a pruebas de AMR y fenotípicas según su fuente. El grado de acuerdo de los 2 métodos fue evaluado por el coeficiente kappa.

Resultados

El coeficiente kappa mostró una concordancia perfecta para MRSA, ESBL, oxacilinasas y para genes de resistencia a vancomicina (1.000, p<0,01) y muy buena concordancia para CoNS mecA positivos, carbapenemasas KPC y metalo-beta-lactamasas (0,870, p<0,01; 0,864, p<0,01 y 0,912, p<0,01, respectivamente).

Conclusión

El AMR es una alternativa útil a las pruebas fenotípicas para la detección rápida de marcadores de resistencia.

Palabras clave:
ADN micromatriz
Resistencia genotípica
Carbapenemasas
ESBLs
mecA
MRSA

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