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Vol. 29. Núm. 4.
Páginas 297-307 (Abril 2011)
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Vol. 29. Núm. 4.
Páginas 297-307 (Abril 2011)
Formación médica continuada: Infección por el VIH en el adulto
DOI: 10.1016/j.eimc.2010.12.006
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Diagnóstico de laboratorio de la infección por el VIH, del tropismo viral y de las resistencias a los antirretrovirales
Laboratory diagnosis of HIV infection, viral tropism and resistance to antiretrovirals
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Federico Garcíaa,??
Autor para correspondencia
fegarcia@ugr.es

Autor para correspondencia.
, Marta Álvareza, Carmen Bernala,b, Natalia Chuecaa, Vicente Guillota
a Servicio de Microbiología, Hospital Universitario San Cecilio, Granada, España
b Departamento de Microbiología, Facultad de Medicina Granada España
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Tabla 1. Estudios que valoraron la utilidad de los estudios de resistencia.
Tabla 2. Ventajas e inconvenientes de los ensayos genotípicos y fenotípicos para la determinación de resistencias a los antirretrovirales.
Tabla 3. Principales guías de tratamiento antirertroviral.
Tabla 4. Ventajas e inconvenientes de los diferentes métodos disponibles para determinación del tropismo viral.
Tabla 5. Principales métodos fenotípicos basados en generación de virus recombinantes para determinación del tropismo viral.
Tabla 6. Ventajas e inconvenientes de los ensayos genotípicos y fenotípicos para la determinación del tropismo viral.
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Resumen

En el diagnóstico de la infección VIH, para considerar un resultado positivo, se recomienda el uso de tres técnicas con distinto principio o base antigénica, siendo obligado que para la confirmación una de ellas sea el Western Blot. Las técnicas serológicas de cuarta generación acortan el período ventana a 13-15 días, debido a que incluyen la detección de antígeno-p24. La detección del genoma-VIH (ADN proviral/ARN) complementa al diagnóstico serológico en situaciones complejas. La viremia plasmática (carga viral) se utiliza para el seguimiento de los pacientes infectados por VIH, para contribuir a la decisión del inicio de tratamiento y para comprobar el fallo virológico al régimen antirretroviral en uso. Las pruebas de resistencia se utilizan para guiar el cambio de tratamiento, y para detectar la transmisión de cepas resistentes en los nuevos diagnósticos. Antes de utilizar un antagonista de CCR5 hay que determinar el tropismo viral; para ello, se pueden utilizar métodos genotípicos, accesibles a los laboratorios de diagnóstico, o fenotípicos, de más difícil acceso.

Palabras clave:
VIH
Diagnóstico de laboratorio
Monitorización
Abstract

The accurate diagnosis of HIV infection demands that to consider a positive result, at least three assays with different antigenic base should be used, one of them, Western-Blot being mandatory for confirmation. Fourth generation ELISAs shorten the window phase to 13-15 days, as they now include p24 antigen detection. Proviral DNA or Viral RNA detection by molecular methods have proved useful for addressing complex situations in which serology was inconclusive. Viral load (HIV-RNA) is routinely used to follow-up HIV infected patients and is used for treatment initiation decisions. It is also used to monitor viral failure. When this happens, resistance tests are needed to guide treatment changes. Resistance is also used to assess the transmission of drug resistance to newly diagnosed patients. Finally, before using an anti-CCR5 drug, viral tropism needs to be determined. This can be done using genotypic tests, widely available in many HIV labs, or phenotypic tests, only available at certain sites.

Keywords:
HIV
Laboratory diagnosis
Monitoring
Texto completo
Introducción

A mediados de la década de 1980 se introdujo el diagnóstico del VIH para identificar individuos con sospecha de infección por dicho virus. Durante estos 25 años, las pruebas diagnósticas han tenido un gran desarrollo como consecuencia del progreso en los conocimientos de los mecanismos inmunopatogénicos, de la relación hospedador-virus, de los mecanismos de replicación vírica, y de la respuesta inmune que sucede en los individuos infectados en el curso de la infección. Los adelantos en la tecnología, principalmente los avances en técnicas de biología molecular a través de la incorporación de la PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa), sin duda han contribuido a implementar métodos de laboratorio de inestimable valor para el manejo del paciente VIH. En este capítulo se revisarán los principales métodos disponibles para el diagnóstico de laboratorio de la infección por el VIH, y para la determinación de las resistencias a los antirretrovirales y del tropismo viral.

Marcadores inmunológicos y virológicos durante la infección

En el curso de la infección se pueden utilizar varios marcadores víricos para identificar la infección y monitorizar su tratamiento. La cinética y el momento de aparición de cada uno de ellos es distinto, y la elección del marcador a detectar va a depender del objetivo del diagnóstico1. El primer marcador que aparece tras la infección es el ARN-VIH que se puede detectar por técnicas de amplificación aproximadamente a las dos semanas de la infección, generalmente a los 10-12 días. Prácticamente al mismo tiempo que el ARN-VIH, se puede detectar el ADN de VIH integrado en el genoma celular (ADN proviral). El antígeno p24 aparece en suero a los 11-13 días, y se puede detectar, con las técnicas de máxima sensibilidad, aproximadamente durante 1 mes y medio2. Los anticuerpos se detectan en el suero a las tres o cuatro semanas de la infección, con una media de 22 días, y alcanzan su concentración máxima a las 10-12 semanas3. Cuando aparecen los anticuerpos, disminuyen los niveles de viremia y desaparece el antígeno p24 como consecuencia de la formación de inmunocomplejos1.

El intervalo de tiempo que existe entre la infección y la aparición de anticuerpos o seroconversión, se conoce como período ventana, y se caracteriza por presencia de ADN proviral, ARN-VIH, antígeno p24 y ausencia de anticuerpos específicos.

Técnicas de detección de infección VIH

El diagnóstico de infección se realiza detectando la presencia de anticuerpos específicos ya que estos se encuentran en el suero prácticamente en el 100% de las personas infectadas.

Con objeto de minimizar el riesgo de obtener un resultado falsamente negativo todas las técnicas son extremadamente sensibles, y capaces de detectar anticuerpos de baja avidez por antígeno que se producen sólo en las fases tempranas de la infección. La sensibilidad es del 99%, hay que señalar que es imposible conseguir un 100% porque la seroconversión no ocurre hasta las 3-4 semanas y además pueden existir infectados seronegativos como consecuencia de defectos inmunitarios.

El incremento de la sensibilidad lleva aparejado un descenso de la especificidad (se producen falsos positivos), aunque las técnicas actuales cifran la especificidad en torno al 99%. Por otro lado, a menor prevalencia de la infección VIH en la población estudiada, disminuye el valor predictivo positivo y es por tanto mayor la probabilidad de que se produzcan resultados falsos positivos con tasas de infección por VIH bajas. Por ello, todo resultado positivo debe ser confirmado mediante un test confirmatorio1.

Técnicas de screening: ELISA

La calidad diagnóstica del ELISA viene determinada por una cuidada selección del punto de corte o “cut-off” y sobre todo por la base antigénica utilizada que captura los anticuerpos específicos presentes en la muestra. Las primeras técnicas se desarrollaron en 1985, usaban como base antigénica un lisado vírico, y se detectaban los anticuerpos a los 40 días de la infección1. En 1987 se introdujeron las técnicas de segunda generación que incorporaban como antígenos proteínas recombinantes y péptidos sintéticos, y nuevos antígenos que permitieron detectar anticuerpos frente a todos los subtipos M, y los grupos N y O, y frente a VIH-2. Se consiguió incrementar la sensibilidad, detectándose los anticuerpos a los 33-35 días tras la infección4. En 1994 las técnicas de ELISA adquirieron el formato “en sándwich”, se denominaron ELISA de tercera generación, detectan anticuerpos de clase IgG e IgM, y por ello se acorta el período ventana a 22 días4. Estas técnicas se han modificado utilizando sustratos fluorescentes (ELFA) o formatos de quimioluminiscencia, lo que permite la automatización, el procesamiento de un gran número de muestras, la reducción de manipulación y de los costes5. Recientemente se han introducido las técnicas de cuarta generación que permiten la detección simultánea de anticuerpos y antígeno p24, reduciéndose el período ventana a 13-15 días, es decir, se aproxima casi a la detección de ARN-VIH4 (fig. 1). Con estas técnicas la sensibilidad se incrementa hasta un 99,9% lo que reduce la posibilidad de un resultado falsamente negativo, esto indica que en principio un resultado negativo no requiere confirmación ni seguimiento serológico, excepto en personas con alto riesgo de adquirir la infección6. Hay que tener en cuenta, que se pueden producir falsos negativos en fases iniciales de la infección hasta que se produce la seroconversión, en estadios finales de la misma, en pacientes con tratamiento inmunosupresor, trasplantados de médula ósea, personas con alteraciones de linfocitos B, en pacientes con hipogammaglobulinemia, infectados por tipos de VIH no detectados por la base antigénica, o por un error en la identificación de la muestra5. La especificidad se sitúa entre el 99,5% y 99,9% y se pueden producir falsos positivos como consecuencia de reconocimientos no específicos de sustancias del suero por los antígenos víricos de la base antigénica. Los factores que pueden estar implicados en la falsa reactividad son la base antigénica utilizada, la inactivación de las muestras por calor, los errores en la identificación de las mismas, y la hemólisis, aspecto lipídico y contaminación microbiana del suero. Se han descrito falsos positivos en multíparas, hemodializados, multitransfundidos, pacientes con hepatitis alcohólica, personas con infecciones agudas por otros virus como herpes y VHB, vacunados frente a VHB e Influenzavirus, pacientes con enfermedades autoinmunes, lupus eritematoso diseminado, y personas con anticuerpos frente a diversos antígenos HLA1,5,6. Debido a la posibilidad de estas reactividades no específicas hay que recurrir a las pruebas confirmatorias para verificar los resultados positivos de las técnicas de screening.

Figura 1.

Tiempo de aparición de marcadores específicos de infección VIH.

(0,13MB).
Técnicas rápidas

A veces se pueden plantear situaciones urgentes y por ello se han desarrollado técnicas de ejecución rápida, que no necesitan aparataje y se pueden interpretar a simple vista. Se basan en la aglutinación de partículas sensibilizadas de látex, o eritrocitos, técnicas de Dot-inmunoensayo y de inmunocromatografia capilar7. La sensibilidad oscila entre el 85-99%8,9, y la especificidad entre el 93-99%. Se suelen producir falsos negativos en muestras con bajo nivel de anticuerpos o estadios recientes de infección10, y falsos positivos en regiones con alta prevalencia de anticuerpos11.

Ensayos confirmatorios

Las técnicas confirmatorias que se utilizan más frecuentemente son el Western Blot (WB) y el inmunoblot recombinante o imunoensayo en línea (LIA) que tienen como mínimo la misma sensibilidad que el ELISA y una especificidad superior. Ambas técnicas pueden incorporar antígenos de envoltura de VIH-2 lo que permite diagnosticar este tipo vírico.

El Western Blot es una metodología en la cual las distintas proteínas víricas se separan en función de su peso molecular mediante electroforesis en gel de poliacrilamida y se transfieren a una membrana de nitrocelulosa sobre la que se añade e incuba el suero del paciente, la unión antígeno-anticuerpo se detecta mediante una técnica de ELISA. Si el suero posee anticuerpos frente a una proteína se produce una banda coloreada que define la reactividad en WB. Detecta anticuerpos frente a las glicoproteínas de envoltura gp160, gp120 y gp41, las codificadas por el gen gag p55, p24 y p17 y las proteínas enzimáticas p66, p51 y p311. Existen casas comerciales que incluyen al menos una proteína del gen env de VIH-2 lo que permite identificar las infecciones producidas por dicho tipo vírico.

En el momento actual esta metodología se ha semiautomatizado lo que facilita su realización, pero los resultados pueden ser subjetivos, ya que lectura se basa en la observación de la presencia de bandas coloreadas que corresponden a las distintas proteínas víricas5. Por ello, en cada laboratorio se debe establecer una disciplina de lectura de reactividades.

La “interpretación” de los resultados es uno de los mayores puntos conflictivos en la serología VIH, se considera negativo la ausencia total de reactividad; para valorar la positividad existen numerosos criterios, según el Center for Disease Control (CDC) se considera positivo cuando se detectan al menos 2 bandas de p24, gp41, y gp160/gp120, la OMS reconoce una prueba positiva con 2 bandas, el ARC (Cruz Roja Americana) indica que deben existir tres bandas una de cada gen estructural, y el Consorcio de Estandarización de la Serología de Retrovirus indica que debe existir al menos una de gp120 o gp160 y una de p24 o p312,12,13. Cada laboratorio debe establecer sus propios criterios de acuerdo a las indicaciones de la técnica que se utilice. Se interpreta como “indeterminado” cualquier reactividad que no reúna el criterio mínimo de positividad y es en esta categoría donde surgen mas controversias ya que las causas del WB indeterminado son diversas y pueden corresponder a fases tempranas o estadios avanzados de la infección con deterioro inmunológico grave, y presencia de inmunocomplejos que pueden reducir los anticuerpos circulantes, recién nacidos de madre VIH positiva, a sueros hemolizados, inactivados por calor, con factor reumatoide, o con bilirrubina elevada, a reacciones cruzadas con otros retrovirus, sueros de pacientes infectados por subtipo no B o con hipergammaglobulinemia secundaria a la hiperestimulación antigénica, multitrasfundidos, o a situaciones patológicas como conectivopatía, gammapatía policlonal y lupus eritematoso diseminado5. La posibilidad de un WB indeterminado o incluso negativo se incrementa cuando se realiza el screening con técnicas de cuarta generación, debido a que las mismas detectan antígeno y la positividad de de dicha técnica puede deberse casi exclusivamente a antígeno p24 libre sérico. Por todo ello, un resultado indeterminado debe ser evaluado minuciosamente valorando la historia clínica del paciente, las prácticas de riesgo y la posibilidad de una infección reciente por VIH. Es importante observar el patrón de reactividades ya que si se detecta alguna banda de envoltura con o sin bandas del gen gag, puede deberse a infección VIH, en estas situaciones se debe de recurrir a otras pruebas confirmatorias (LIA o IFI)14 y en ocasiones es necesario complementarlas con la determinación de ADN proviral o carga viral o antígeno p24 libre sérico para valorar una posible primoinfección12. En cualquier caso ante un Western Blot indeterminado se debe solicitar siempre una nueva muestra5.

En la repetición con el nuevo suero, pueden existir varias posibilidades, la primera es que la técnica de screening se mantenga positiva y no se detecten cambios en el WB respecto al primero, o incluso se produzca una disminución en el número de bandas y en intensidad, en este caso la posibilidad de una reacción inespecífica es alta, y el paciente debe ser tranquilizado. Se debe solicitar una nueva muestra en un mes y comprobar que las bandas se mantienen o desaparecen para dar una respuesta final. Hay que destacar, que en la mayoría de casos estas situaciones se producen en sueros con valores muy cercanos al punto de corte en las técnicas de screening. Si en el suero de repetición la técnica de screening se mantiene positiva y se observan más bandas y un incremento en la intensidad de las mismas, probablemente sea debido a una seroconversión, en cuyo caso se informará como positivo si reúne los criterios de positividad, o se solicitará una nueva muestra si sigue interpretándose como indeterminado6. El CDC recomienda realizar un seguimiento de 6 meses en los WB indeterminados, y si el patrón de WB se mantiene estable, el resultado se debe considerar negativo en individuos sin sintomatología y riesgo bajo de infección.

Detección de antigenemia

La detección de anticuerpos específicos, indican exposición al virus e infección, y la detección directa del antígeno viral p24 introduce un concepto dinámico en la serología ya que al ser un índice de replicación viral, aporta información sobre el estado actual de la infección. Se detecta en estadios iniciales de infección, o en evolución a SIDA, y sirve de apoyo al diagnóstico serológico en aquellas situaciones en las que la detección de anticuerpos no es concluyente8.

El antígeno p24 se puede determinar en suero y plasma con técnicas de ELISA de captura que aumentan la sensibilidad que en el momento actual puede llegar a ser de 8 pg/ml, lo que según algunos estudios puede equivaler a 5.000-10.000 copias de ARN de VIH.

Ensayos para la detección de infecciones recientes por VIH

La identificación de infecciones recientes es importante para conocer el patrón de transmisión de VIH en una comunidad o población. En la primera fase de la infección existen títulos bajos de anticuerpos y anticuerpos de baja avidez; cuando la infección progresa la concentración de anticuerpos y la avidez de los mismos se incrementa. Los métodos que permiten diferenciar una infección reciente de una crónica basados en la detección de anticuerpos se agrupan bajo el término STARHS (algoritmo serológico para la detección de infección reciente por el VIH) que se basa en la aplicación de dos técnicas de ELISA para detectar anticuerpos VIH, una de ellas modificada para que sea menos sensible. Se considera una infección reciente si la muestra es positiva para ELISA convencional y negativa en el ELISA modificado de baja sensibilidad9. También se pueden identificar infecciones recientes usando el índice de avidez. Para ello se procesa el suero por duplicado (diluido con PBS y tratado con guanidina que interfiere en la unión antígeno-anticuerpo de baja avidez). Tras el procesamiento de ambos sueros se calcula el índice de avidez dividiendo la señal obtenida del suero tratado con PBS/guanidina. Si el índice es < 0,6 se puede considerar con una probabilidad elevada que la infección ha ocurrido en los 6 meses anteriores15. Hay que destacar, que estas técnicas se utilizan con fines epidemiológicos, para conocer el patrón de transmisión de VIH y poder diseñar medidas preventivas adecuadas.

Determinación de ADN proviral

El ADN proviral se corresponde con el genoma viral integrado en el genoma de la célula a la que el virus infecta. En la actualidad, esta determinación está siendo reemplazada por la determinación de carga viral (ARN-VIH), en gran parte debido a las dificultades de disponer de ensayos comerciales para determinar ADN proviral, con suficientes controles de calidad y certificación por agencias reguladoras, además de que para su realización se debe utilizar sangre total. Sin embargo, es la determinación de referencia a la hora de utilizar los métodos moleculares para diagnosticar la infección VIH. En este sentido juega un papel importante para complementar aquellas situaciones diagnósticas en las que la serología no es concluyente. Se puede utilizar para valorar la transmisión madre-hijo en el diagnóstico de la transmisión vertical de VIH y para el seguimiento de la profilaxis post-exposición, aunque, como veremos a continuación, la mayoría de los laboratorios utilizan la carga viral de VIH en estos escenarios.

Determinación de la viremia plasmática (carga viral)

La viremia plasmática o carga viral del VIH se define como el número de copias de ARN del virus que se encuentra presentes en plasma. Su determinación, junto con la cifra de linfocitos CD4 y la situación clínica del paciente, se emplea para establecer las decisiones terapéuticas y para la monitorización del tratamiento antirretroviral16. Es uno de los factores a valorar para decidir si se debe iniciar el tratamiento, si bien el principal indicador en estos casos es el recuento de linfocitos CD417.

El objetivo del tratamiento es reducir la carga viral de modo rápido por debajo de los límites de detección (< 50 copias/mL) y mantenerla suprimida el mayor tiempo posible, ya que con este nivel de carga viral se ha demostrado que no se seleccionan mutaciones de resistencia. Una vez instaurado el tratamiento, la carga viral disminuye rápidamente (1-2 log10) en las primeras semanas y algo más lentamente a partir del primer mes de tratamiento, si el régimen no incluye un inhibidor de la integrasa, hasta conseguir un nivel estable por debajo del límite de detección que se correlaciona con una mayor duración de la respuesta virológica. En general, se recomienda una determinación al comienzo del tratamiento, y después a las 4 semanas, y cada 4-8 semanas hasta conseguir la supresión. El seguimiento posterior se debería realizar cada 3-4 meses durante al menos el primer año18. La potencia, eficacia, tolerabilidad y facilidad de dosificación de los nuevos tratamientos, además de la situación económica actual están planteando la revisión de estas pautas de monitorización. De hecho, una vez que la replicación viral es suprimida, los intervalos de monitorización se pueden extender hasta los 6 meses entre los pacientes que permanecen virológicamente suprimidos y tienen un nivel de recuento de CD4 por encima de los 350 células/μl. Se requiere una monitorización más estrecha en aquellos pacientes que han necesitado cambiar su tratamiento debido al fracaso virológico19.

En los pacientes con carga viral controlada se ha observado ocasionalmente brotes transitorios de viremia de bajo nivel (blips) que vuelve espontáneamente a ser indetectable sin ningún cambio en el tratamiento. Se desconoce la patogenia de los blips; aunque diversos estudios sugieren que un pequeño porcentaje de pacientes pueden desarrollar fracaso virológico con aparición de mutaciones de resistencia, en general, no los relacionan con fracaso virológico.

Se considera que hay un fracaso virológico cuando la carga viral es detectable a las 24 semanas de comenzado el tratamiento antirretroviral, o si tras alcanzar la indetectabilidad ésta vuelve a ser detectable en dos determinación consecutivas separados en al menos un mes. En esta segunda situación, primero hemos de tener en cuenta la tolerabilidad del tratamiento, las interacciones entre fármacos, y la adherencia del paciente.

En la actualidad existen diversas técnicas para la cuantificación de la carga viral que tan solo difieren en sus formatos, tiempos y capacidad de procesamiento. Algunas permiten la detección hasta un nivel de 20 copias de ARN de VIH por mililitro de plasma, sin embargo, todavía se desconocen las implicaciones clínicas de una viremia entre 20 y 50 copias/ml. En el mercado existen sistemas basados en la amplificación de la señal (branched-DNA) o en la amplificación de la secuencia (RT-PCR en tiempo real, NASBA y LCx). Las técnicas de transcripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) en tiempo real basadas en sondas fluorescentes son, en general, más rápidas y permiten rangos dinámicos más amplios (20-107 copias/ml). Todas las técnicas detectan y cuantifican el subtipo B, que es el más prevalente en nuestro medio, así como los subtipos circulantes más frecuentes. Sin embargo, ninguna de las técnicas detecta el VIH-2. Por último, se han desarrollado ensayos, no comerciales y utilizados en investigación, que permiten detectar una sola copia de ARN-VIH-120

Es necesario destacar, que la elevada sensibilidad de los ensayos de cuantificación de la carga viral del VIH puede originar un uso inapropiado del mismo, como ocurre cuando se utilizan para el diagnóstico precoz de la infección por VIH. Las pruebas de carga viral no han sido desarrolladas con una especificidad suficiente y pueden causar falsos positivos21, en estas situaciones es preferible utilizar otras pruebas genéticas de tipo cualitativo con sensibilidad y especificidad ampliamente demostrada, como el ADN proviral. Sin embargo, existen situaciones especiales en que la determinación de la carga viral se pueda usar como diagnóstico de la infección por VIH, como es el caso de niños recién nacidos de madres seropositivas o en la primoinfección, cuando el diagnóstico serológico está comprometido. Se considerarán válidos sólo aquellos resultados en los que el nivel de viremia sea elevado, si no es preferible descartar la infección mediante el uso de otras pruebas.

Algoritmo diagnóstico

Cuando el objetivo de las pruebas de detección de anticuerpos frente al VIH es el diagnóstico de infección y la prevalencia de la misma es inferior al 10%, se recomienda el uso de tres técnicas con distinto principio o base antigénica, siendo obligado que una de ellas sea el Western Blot. Para diagnosticar a una persona como positiva las tres pruebas deben ser positivas. En la figura 2 se refleja el algoritmo diagnóstico de la infección VIH.

Figura 2.

Algoritmo del diagnóstico de infección VIH.

(0,3MB).
Pruebas para la detección de resistencias a antirretrovirales

El conocimiento de los mecanismos que llevan a la selección de resistencias y de sus consecuencias (fracaso terapéutico), así como del perfil de resistencia de cada fármaco, junto con la posibilidad de detectar su presencia mediante ensayos que se pueden llevar a cabo en laboratorios de diagnóstico clínico, han modificado la forma de utilización de la terapia antirretroviral.

Entre las técnicas disponibles para la detección de resistencias se encuentran los métodos «fenotípicos», consistentes en enfrentar al virus a diferentes concentraciones de un determinado fármaco y establecer el grado de inhibición comparando con cepas control, y los métodos “genotípicos”, que emplean el análisis de la secuencia de ácidos nucleicos del virus para detectar la presencia de mutaciones de resistencia22,23. Las pruebas genotípicas son las que tienen mayor difusión entre los laboratorios de diagnóstico, mientras que los ensayos fenotípicos quedan reservados para laboratorios de investigación. A principios de esta década, se realizaron numerosos estudios que avalaron la utilización de las pruebas de resistencias en la práctica clínica, y que propiciaron que estos ensayos se recomendaran en todas las guías de práctica clínica sobre tratamiento antirretroviral. Las principales características de estos estudios se muestran en la tabla 1. Los ensayos genotípicos exigen que la base molecular de las resistencias esté suficientemente caracterizada, de tal forma que la detección de una mutación sea predictiva de la falta de actividad de un determinado agente. Por esta razón, estas pruebas genotípicas tienen en general más valor para detectar resistencia (detección de una determinada mutación), que para predecir sensibilidad (ausencia de todas las posibles causas de resistencia). Para la elaboración de los perfiles de resistencia de cada fármaco se han utilizado diferentes abordajes, como analizar los virus aislados de personas en los que el fenotipo a un fármaco concreto era resistente, caracterizando en estas cepas las mutaciones que aparecen en su genoma, y más recientemente, los modelos de predicción basados en la respuesta virológica, que relacionan el perfil de mutaciones con la eficacia de un fármaco en un régimen TARGA. De este modo, ante un fracaso a una combinación de fármacos, se puede estudiar el genotipo y deducir que fármaco es causante del fracaso. En la tabla 2 se recogen las ventajas e inconvenientes de los métodos genotípicos y fenotípicos para la determinación de resistencias a los antirretrovirales.

Tabla 1.

Estudios que valoraron la utilidad de los estudios de resistencia.

Estudio  Diseño  Duración  ΔCV VIH (log10 copias/mL)  %pacientes CV<400 copias/mL 
VIRADAPT  GT/STD  6 meses  108  −1,15 vs −0,67  0.05  32 vs 14  0,067 
GART  GT/STD  3 meses  153  −0,94 vs −0,47  0.003  34 vs 22  0,067 
VIRA3001  FT/STD  4 meses  274  −1,23 vs −0,87  0.004  45 vs 34  0,09 
KAISER  FT/STD  4 meses  115  −0,25 vs −0,4  0.05  – 
NARVAL  GT/FT/STD  3 meses  541  41 vs 33 vs 34  0,249 
ARGENTA  GT/STD  3 y 6 meses  174  27 vs 12/ 21 vs 17  0,02/ ns 
CTG575  FT/STD  6 meses  238  48 vs 48  – 
HAVANA  GT/STD  6 meses  274  −1,1 vs −0,8  ns  57 vs 42  0,01 

FT: fenotipo; GT: genotipo; STD: estándar de tratamiento.

Tabla 2.

Ventajas e inconvenientes de los ensayos genotípicos y fenotípicos para la determinación de resistencias a los antirretrovirales.

Ventajas  Inconvenientes 
Genotipo
Rapidez  Detección indirecta de la resistencia 
Dificultad técnica media, realizable en laboratorios hospitalarios  Desconocimiento del efecto de las resistencias cruzadas 
Menor coste económico  Puede no existir correlación con el análisis fenotípico 
La mutación precede a la resistencia fenotípicaCarencia de sensibilidad para las variantes menores (< 20%) 
Requieren la interpretación por un experto 
No son válidos para nuevas drogas hasta que se diseñan los algoritmos de interpretación y se validan clínicamente 
Fenotipo
Medida directa de la sensibilidad a los distintos antirretrovirales  No puede realizarse con cargas virales bajas 
Proporciona información acerca de las resistencias cruzadas  No detecta subpoblaciones virales que constituyan menos del 10-20% de la población total 
Reflejan el efecto de todas las mutaciones presentes, incluso aquellas que aún no han sido descritas  No aporta sensibilidad a combinaciones de fármacos 
Los resultados son fáciles de interpretarFalta de estandarización en los valores de IC50 de cada fármaco 
Disponible únicamente en laboratorios comerciales por su elevada complejidad 
Elevado coste y técnica compleja 
Posible selección de variantes víricas mejor adaptadas al cultivo celular 
Ensayos fenotípicos

Los métodos fenotípicos miden la concentración de fármaco necesario para inhibir la replicación viral en cultivo celular. Los resultados se expresan generalmente en forma de cambios en la IC50 (Fold Change -FC-), comparando con una cepa control. La interpretación del valor de FC es diferente dependiendo del fármaco implicado. Los métodos de sensibilidad del virus en células mononucleares de sangre periférica (CMSP) han sido desplazados en la actualidad por otros ensayos basados en modelos de virus recombinantes. En los primeros se aísla el virus del paciente y se cultiva con CMSP añadiendo diluciones seriadas del fármaco. La susceptibilidad relativa del virus a un fármaco determinado se establece en base a la menor concentración del fármaco capaz de suprimir la replicación viral. Esta técnica presenta serios inconvenientes por su gran laboriosidad, y porque son métodos caros, lentos y que no están al alcance de cualquier laboratorio de diagnóstico clínico. Para eliminar alguno de estos inconvenientes se diseñaron los métodos basados en el empleo de virus recombinantes que consiguen una mayor rapidez y reproducibilidad en los resultados, aunque siguen sin estar disponibles en los laboratorios de diagnóstico. Consisten en la obtención de la secuencia de los genes de RT y PR del plasma de un paciente por medio de RT-PCR y su introducción dentro de un sistema ya estandarizado para la producción de un VIH recombinante capaz de infectar una línea celular, incluyendo un procedimiento que facilita la lectura de los resultados. Actualmente hay tres compañías principales que ofrecen la realización de estas pruebas fenotípicas: Antivirogram® (Virco), PhenoSense® (Virologic) y Phenoscript® (VIRAlliance). Las características de estos ensayos se muestran en la figura 3. La interpretación de los resultados de estos ensayos, aunque más intuitiva y sencilla, no está exenta de complicaciones, ya que analizan la sensibilidad fármaco a fármaco, y en la vida real las combinaciones pueden suponer un comportamiento diferente del meramente aditivo.

Figura 3.

Ensayos de virus recombinantes para la determinación fenotípica de la resistencia a los antirretrovirales.

En el método Antivirogram® (Virco) (1) los virus recombinantes se preparan mediante transfección de células MT-4 con el producto amplificado PR-RT y con un plásmido que contiene el genoma completo del VIH salvo la región gag-pro-RT. La CI50 del virus recombinante se determina en cultivos, midiendo la viabilidad de células MT4 infectadas con el virus recombinante en presencia de diluciones de cada antirretroviral. El método Phenoscript (Viralliance) (2), combina aspectos de los otros dos métodos: un proceso de recombinación homóloga, como en el Antivirogram, con un sólo ciclo de replicación viral, como en el Phenosense. Las células diana (P4) contienen el gen de la β-galactosidasa controlado por LTR de HIV de modo que cuando se acumulan suficentes productos del gen TAT en la célula infectada, se expresa el gen de la β-galactosidasa y su producto se puede medir mediante colorimetría o fluorimetría. El método Phenosense (ViroLogic) (3), a diferencia del Antivirogram, es un ensayo de un solo ciclo de replicación viral, lo que reduce el tiempo para los resultados. Utiliza un proceso de ligación, más que de recombinación homologa, para introducir el fragmento amplificado mediante RT-PCR en el genoma de una partícula de VIH en la que el gen env ha sido sustituido por un gen productor de luciferasa. En un ciclo de replicación este virus es capaz de producir todas las proteínas de VIH a excepción de las de envoltura y, en su lugar, se expresa el gen de la luciferasa. La CI50 del virus recombinante se determina cuantificando la expresión del gen de la luciferasa en cultivos de célula infectadas con el virus recombinante en presencia de antirretrovirales.

(0,41MB).
Ensayos genotípicos

En ellos se estudian los cambios en el gen de la transcriptasa inversa, proteasa, o integrasa, que generan la resistencia frente a análogos y no análogos de los nucleósidos/ótidos, frente a los inhibidores de la proteasa y frente a los inhibidores de la integrasa, respectivamente, que se conocen como mutaciones de resistencia. También se pueden determinar mutaciones en HR1 y HR2 para estudiar la resistencia frente a los inhibidores de la fusión, aunque estos fármacos (enfuvirtide) se utilizan ya muy poco en terapia antirretroviral.

La técnica más empleada para la detección de mutaciones de resistencia es la secuenciación poblacional del genoma que codifica las enzimas transcriptasa inversa, proteasa o integrasa. Antes de la secuenciación es necesario extraer el ácido nucleico del plasma del paciente, transcribirlo en ADN (retrotranscripción) y hacer al menos una reacción de amplificación (PCR). Una vez realizada la reacción de secuenciación, el procedimiento de lectura se encuentra automatizado mediante electroforesis acoplada a la detección de dideoxi-nucleótidos (terminadores de cadena) fluorescentes. Tras la obtención de la secuencia es necesario un análisis informático para comparar las secuencias obtenidas con una cepa de referencia para establecer las mutaciones encontradas relacionadas con resistencia a antirretrovirales. Algunas de las compañías que han desarrollado reactivos y equipos de secuenciación automática para esta aplicación son TruGene® HIV-1 Genotyping Test (Siemens) y ViroSeq® HIV-1 Genotyping System (Abbott Diagnostics). El primero emplea la secuenciación bidireccional y la electroforesis en gel, mientras que el segundo emplea el método unidireccional y la electroforesis capilar. Ambos sistemas ofrecen un software para la edición de las secuencias y un algoritmo propio de interpretación.

Las técnicas de secuenciación, comerciales o “caseras” aseguran un 98-100% de éxito en la amplificación en muestras con una carga viral superior a 500-1.000 copias/ml, sin embargo, con las adecuadas modificaciones es posible amplificar prácticamente cualquier muestra con carga viral detectable24. No debemos olvidar, que la secuencia obtenida por estos métodos de secuenciación poblacional es en realidad la secuencia promedio de todas las variantes presentes en la muestra original, siendo difícil detectar mutaciones que supongan menos del 10-20% del total25. Esto explica por qué los métodos que utilizamos predicen el fracaso de un fármaco pero no aseguran el éxito, ya que las mutaciones pueden encontrarse por debajo de estos niveles (variantes minoritarias), y pueden ser seleccionadas cuando se emplea el fármaco al que confiere resistencia. Para asegurar la detección de las variantes que representan menos del 20%, hemos de recurrir a técnicas especiales: clonación de los productos de amplificación, PCR mediante diluciones límite o PCR-alelo específica a tiempo real, que no son aplicables hoy por hoy a la rutina del laboratorio de diagnóstico clínico. Recientemente se han introducido técnicas que permiten la secuenciación masiva de genomas únicos. Existen, en este momento, cuatro plataformas comerciales de secuenciación masiva, aunque la tecnología 454-UDS (Roche Diagnostics), es la que por el momento ofrece resultados en el campo de las mutaciones de resistencia a antirretrovirales. Además de una compleja metodología que aun no está al alcance de los laboratorios de diagnóstico, una herramienta imprescindible para poder usar estas técnicas son los sistemas informáticos con capacidad para almacenar y manejar enormes masas de datos, y programas diseñados específicamente para leer y filtrar miles de secuencias, ensamblarlas, anotarlas ó compararlas con bases de datos externas. No obstante, si se consiguen superar estas dificultades, estas técnicas se presentan como una alternativa, de gran valor, a las técnicas convencionales.

Interpretación de las mutaciones de resistencia

La interpretación de las mutaciones de resistencia es compleja y constituye uno de los pasos de mayor importancia para emitir una información correcta. Aunque existen mutaciones concretas que determinan perfiles de resistencia muy específicos y su significado es muy claro, en especial para los fármacos de baja barrera genética, en otras ocasiones una determinada combinación de mutaciones es difícil de interpretar debido al efecto aditivo o incluso revertiente de algunas mutaciones sobre otras. Además, para hacer una correcta interpretación del genotipo de resistencias es imprescindible una continua actualización por la aparición de nuevos patrones de resistencia y por la incorporación de nuevos fármacos. Por todos estos motivos se han diseñado distintos algoritmos de interpretación que facilitan dicha labor. Estos algoritmos están disponibles en páginas web y, por lo general, son de acceso gratuito. Su manejo es sencillo ya que sólo hay que editar la secuencia obtenida, en formato fasta o txt, en dicha página web, que de forma automática nos devuelve un informe de interpretación de los niveles de resistencia a todos los antirretrovirales. Entre los principales algoritmos destacan: la página web de la Universidad de Stanford (http://hivdb.stanford.edu), la página de la Sociedad Internacional de SIDA de EE.UU. (www.iasusa.org), la página de la ANRS francesa (www.hivfrenchresistance.org), el algoritmo de la Red de Investigación en SIDA –RIS– (www.retic-ris.net), el algoritmo Geno2pheno (www.geno2pheno.org), o sistemas de interpretación como el Fenotipo Virtual (Vircotype). Estas guías recogen, además de las resistencias clásicas frente a análogos y no análogos de la RT e inhibidores de la proteasa, las nuevas mutaciones descritas frente a los inhibidores de la integrasa. Es importante alertar, que no todos los sistemas de interpretación aportan la misma calidad de interpretación. En general, para la elección del sistema de interpretación que vayamos a utilizar debemos valorar, entre otros, la fecha de la última actualización, la metodología que se ha empleado para derivar las reglas de interpretación, el número de pacientes que se incluyen para la elaboración de la/s regla/s de interpretación, si se adscribe distinto peso a distintas mutaciones, si la prevalencia de mutaciones en la población analizada es similar a la prevalencia local, si se tienen en cuenta mutaciones con efecto beneficioso, si existen datos clínicos que avalen que ese algoritmo es capaz de predecir la eficacia virológica, y si se tienen en cuenta reglas de interpretación específica para los subtipos no-B. Además, cuando realizamos la interpretación de un perfil de resistencias también hemos de tener en cuenta la historia previa de tratamiento antirretroviral del paciente y, si los hubiese, los estudios previos que se le hayan practicado, sumando para su interpretación todo su histórico de mutaciones/secuencias (genotipo acumulado). Esta estrategia ha demostrado mejorar la interpretación del genotipo de resistencias, consiguiendo mayores niveles de eficacia en el régimen elegido si este se basa en el genotipo acumulado en vez de en el último genotipo realizado26.

Indicaciones para la realización de los estudios de resistencia

Actualmente existen numerosas guías nacionales e internacionales que describen las circunstancias en las que se aconseja un estudio de resistencia (tabla 3). En general, dichas guías coinciden en la recomendación de realizar el estudio de resistencia antes de comenzar el tratamiento antirretroviral, sea una infección reciente o crónica, tras el fracaso terapéutico, en embarazo o tras una exposición accidental al caso fuente si no lo posee. No se recomienda tras suspensión del tratamiento por la reversión de la mayoría de las mutaciones que no se detectarían al ser variantes minoritarias.

Tabla 3.

Principales guías de tratamiento antirertroviral.

Guía  Acceso 
IAS (International AIDS Society)  www.iasusa.org/guidelines/index.html 
DHHS (U.S. Department of Health Human Services)  http://www.aidsinfo.nih.gov/guidelines/ 
CDC (Centre for Disease Control)  http://www.cdc.gov/hiv/ 
EACS (European AIDS Society)  http://www.europeanaidsclinicalsociety.org/guidelines.asp 
BHIVA (British HIV Association)  http://www.bhiva.org/ClinicalGuidelines.aspx 
GESIDA-PNS (Grupo SEIMC de Estudio de SIDA-Plan Nacional sobre el SIDA)  www.gesida.seimc.org/pcientifica/dcconsensos.asp?apnv0=pcientifica≈nvA=dcconsensosyrc≈pag=dcconsensos_txt.htm 
Determinación del tropismo viral

Los antagonistas de los receptores de quimiocinas son una nueva familia de fármacos que ha pasado a formar parte del arsenal terapéutico para el tratamiento de la infección por VIH. La actividad antiviral de los antagonistas de CCR5 está limitada a variantes R5-trópicas27 y la detección de variantes X4-trópicas en pacientes que inician tratamiento con antagonistas de CCR5 se ha asociado con el fracaso virológico al tratamiento con estos fármacos28. Por lo tanto, antes de recomendar el inicio de un tratamiento con antagonistas de CCR5, se requiere la realización de un estudio de tropismo del VIH por los receptores de quimiocinas CCR5 y CXCR4. El tropismo viral por los receptores de quimiocinas puede ser determinado mediante métodos fenotípicos y genotípicos29. A continuación se describen en detalle las características metodológicas así como sus principales ventajas e inconvenientes para su utilización en la práctica clínica, que se muestran en la tabla 4.

Tabla 4.

Ventajas e inconvenientes de los diferentes métodos disponibles para determinación del tropismo viral.

Metodología  Ventajas  Inconvenientes 
ESTA (Enhanced Sensitivity Trophile Assay)  Sensibilidad para variantes DM/X4 (0,3%)Dispone de validación clínica en ensayos clínicos (MOTIVATE, MERIT)  Limitaciones logísticas (envío EE.UU)Caro, Lento, Exige viremia ≥ 1000 cop/mL 
Genotipo V3 plasma(secuenciación poblacional)  Rápido, práctico y económicoAmpliamente disponible en laboratoriosSensibilidad Clínica  Menor sensibilidad analítica para DM/X4 
Genotipo V3 en ADN proviral (CMSP/sangre total)  Posibilidad de amplificar muestras con viremia <50 cop/ml (única alternativa en muchas situaciones clínicas)Práctico  Falta de estandarización y validación clínicaSesgos en la representación de secuenciasplasmáticas en células 
Genotipo V3 (UltraDeepSequencing)  Alta sensibilidad en la detección de variantes X4Permite la cuantificación de variantes X4Validado en estudios clínicos  Muy Costoso y laboriosoDificultad en el manejo y la interpretación de los resultadosNo accesible actualmente para laboratorios clínicos 
Ensayo MT-2  Barato  Requiere el cultivo viralSensibilidad por determinar 
Métodos fenotípicos

Los ensayos fenotípicos para la determinación de tropismo se basan en la generación de virus recombinantes. En este tipo de ensayo el gen de la envuelta es amplificado mediante PCR (RT-PCR) a partir del plasma del paciente y mediante técnicas de clonaje o recombinación genética se generan virus quiméricos o seudotipos que portan la envuelta del paciente. Estos virus son utilizados para infectar líneas celulares que expresan el receptor CD4 y uno de los dos correceptores principales del VIH, CCR5 o CXCR4. De esta manera, se define el tropismo viral conferido por la envuelta del paciente estudiado a partir del comportamiento del virus recombinante. Trofile™ (Monogram Biosciences, San Francisco, California, USA) es el ensayo fenotípico de mayor difusión. Se incluye en el grupo de métodos basados en la generación de virus recombinantes de ciclo único30. Hasta el momento, es el único método validado y aprobado en EE.UU. por la FDA para la determinación del tropismo viral en muestras de pacientes candidatos a tratamiento con maraviroc, el único anti-CCR5 aprobado. La característica principal de este y otros métodos similares es el conseguir amplificar la envuelta completa del VIH del paciente. Este aspecto es relevante ya que aunque la región V3 contiene los principales determinantes del tropismo viral existen otras regiones implicadas (V1, V2, C4). Los ensayos clínicos MERIT y MOTIVATE han revelado limitaciones de la versión inicial de Trofile™ para detectar poblaciones minoritarias que se correlacionaron con fracaso terapéutico a maraviroc. Para solventar esta limitación la compañía Monogram ha desarrollado una versión mejorada del sistema en la que se aumenta el nivel de sensibilidad para detectar variantes minoritarias X4 o R5/X4 en torno al 0,3%31. En la actualidad, esta versión ESTA-TrofileTM, es la comercialmente disponible y ha sido validada retrospectivamente en los ensayos MERIT. ESTA-TrofileTM reclasificó como DM un 14,7% de los pacientes identificados originalmente como R5 en el momento basal por TrofileTM. Sin embargo, en un análisis detallado de los datos se observa que a pesar de su mayor sensibilidad para detectar variantes minoritarias X4-trópicas, ESTA-TrofileTM no mejora la capacidad del ensayo para discriminar entre pacientes respondedores y no respondedores a maraviroc, ya que aproximadamente un 43% de los pacientes reclasificados como DM habían respondido (ARN-VIH < 50 cop/mL en semana 48) a la terapia con maraviroc a pesar de la presencia de variantes X4-trópicas32.

En España, se ha desarrollado el ensayo TropiTest (Instituto de Salud Carlos III-Fundación FIPSE). La principal ventaja de este sistema es que los virus recombinantes que se generan son virus de ciclo múltiple, lo que permite bajar el umbral de sensibilidad para la detección de poblaciones minoritarias al menos al 1%33. Otra ventaja que es compartida con el método de TrofileTM es que amplifica el gen completo de la envuelta. Este test ha sido validado con ambas versiones de TrofileTM mostrando una excelente correlación con la versión Trofile™ES. Otros ensayos fenotípicos son: PhenoX-R (InPheno AG, Basel, Switzerland), Virco® type HIV-1 (Virco BVBA, Mechelen, Belgium), HIV-1 Phenoscript Env™ (VIRalliance, Paris; France), y Toulouse Tropism Test (Universidad de Toulouse). Las principales características de los ensayos fenotípicos para determinación del tropismo se pueden consultar en la tabla 5.

Tabla 5.

Principales métodos fenotípicos basados en generación de virus recombinantes para determinación del tropismo viral.

  VIRalliance Phenoscript  XtrackC/PhenX-R In Pheno AG  Virco NH2-V4 gp120  Monogram Biosciences TrofileES*  Univ Toulouse Toulouse Tropism Test (TTT)  ISCIII-FISPE Tropitest 
Amplicón  V1-V3 gp120 (900 pb)  pNL4-3 defectivo env  pHXB2D-ΔNH2-V4-eGFP  pCAX-PXMX (expresión env)+RTV1.F-lucP.CNDOΔU3  pNL43Δenv-Luc2 vector  pNL4-3-lacZ/env- 
Generación del vector  Recombinación homóloga  Clonaje  Recombinación  Clonaje  Recombinación homóloga  Clonaje 
Células DianaU373-CD4-CCR5  CXCR4  U87.CD4.CCR5  U87.CD4.CCR5  U87.CD4.CCR5  U87/Ghost/PBMc CD4.CCR5
U373-CD4-CXCR4  CCR5/CXCR4  U87.CD4.CXCR4  U87.CD4.CXCR4  U87.CD4.CXCR4 
Gen marcador  β-galactosidasa  β-galactosidasa  GFP  Luciferasa  Luciferasa  Luciferasa 
Replicación  Ciclo múltiple  Ciclo único  Ciclo múltiple  Ciclo único  Ciclo múltiple  Ciclo múltiple 
Sensibilidad  5-10%  1%  5-10%  0,3-1%  0,5%  1% 
Métodos genotípicos

Los métodos genotípicos se presentan como una alternativa más económica, rápida y factible de desarrollar localmente en cualquier laboratorio especializado de VIH que cuente con tecnología para realizar la determinación de resistencias a antirretrovirales. Desde principios de los años noventa, se han descrito y desarrollado diferentes reglas y algoritmos de correlación genotipo-tropismo basados fundamentalmente en las características de la secuencia de aminoácidos de la región V3 de la envuelta viral34. Inicialmente se propusieron reglas sencillas como la “regla 11/25 o la regla de la carga neta”, que se caracterizan por presentar una gran especificidad para la clasificación de variantes X4-trópicas, aunque baja sensibilidad35,36. Posteriormente, el estudio de la variabilidad natural en secuencias de V3 y su asociación con los fenotipos R5- o X4-trópicos, ha permitido la identificación de nuevos residuos y patrones de aminoácidos en la región V3 relacionados con el tropismo viral. Con los datos obtenidos y a través de la utilización de diferentes métodos estadísticos (support vector machines-SVM, position specific scoring matrices-PSSM) se han diseñado sofisticados algoritmos de interpretación que permiten predecir el uso del correceptor del VIH basándose en la secuencia genética de la región V3 de un determinado aislado viral. Algunos de ellos se encuentran disponibles en páginas web de libre acceso como son WetCat, geno2phenocoreceptor, y WebPSSM. Diversos estudios han evaluado también la capacidad de predecir el tropismo viral combinando la información aportada por varios algoritmos, e incluso variables clínicas relacionadas con la infección por VIH. Estos métodos han conseguido mejorar la sensibilidad para detectar cepas X4, sin una pérdida significativa de especificidad37,38.

El algoritmo de interpretación de más amplia difusión es Geno2phenocoreceptor. Se ha desarrollado conjuntamente entre la Universidad de Colonia y el Instituto Max-Planck de Alemania39. El método estadístico que utiliza para hacer sus predicciones es SVM (Support Vector Machine). Geno2pheno puede realizar las predicciones tanto a partir de la secuencia FASTA de nucleótidos o de aminoácidos de la región V3. La base de datos en la que basa geno2pheno sus predicciones consiste en un total de 1100 secuencias de V3 de 332 pacientes: 769 secuencias de V3 que se corresponden con un fenotipo R5, 210 con un fenotipo X4 y 131 secuencias con fenotipo R5X4, principalmente obtenidas de la base de datos de Los Álamos. La mayoría de estas secuencias son subtipo B, aunque también incluye algunas secuencias de otros subtipos genéticos. El servidor permite seleccionar en cada predicción el grado de sensibilidad para detectar variantes X4, seleccionando el porcentaje de FPR (False Positive Rate) en cada predicción. La última versión de geno2pheno oferta la posibilidad de introducir datos clínicos adicionales como la carga viral, número de CD4 y la presencia o ausencia de la deleción de 32 pares de bases para el receptor CCR5, con el fin de mejorar las predicciones. La principal ventaja de este método es que se muestra en constante evolución y se realizan actualizaciones periódicas en las bases de datos.

Al igual que para la determinación de resistencias, las nuevas plataformas de secuenciación masiva permiten superar las limitaciones de las técnicas convencionales de secuenciación poblacional, mediante la generación simultánea de centenares de secuencias clonales de virus40,41. Actualmente, 454 (454 Life Sciences/Roche Diagnostics) es la plataforma de secuenciación masiva mejor situada para el estudio del tropismo del VIH porque genera secuencias de 300-500 pares de bases y ello permite secuenciar la región V3 entera en un solo amplicon. Así, 454 permite detectar virus X4 presentes en < 1% de la población viral42. Aunque los estudios realizados con 454 han demostrado una superioridad técnica frente a los métodos convencionales, la realidad es que esta tecnología todavía no está disponible para el diagnóstico clínico rutinario. Es una tecnología cara, poco automatizada, requiere un conocimiento técnico muy especializado, y precisa un análisis bioinformático intensivo. Estas limitaciones técnicas e industriales se están resolviendo rápidamente mediante nuevas versiones de la tecnología (secuenciador 454 Junior) y mediante el desarrollo de herramientas de interpretación parcialmente automatizadas como Geno2Pheno-454 (http://g2p-454.bioinf.mpi-inf.mpg.de/index.php).

La validación de los ensayos genotípicos para uso clínico requiere la demostración de su capacidad para identificar pacientes respondedores y no respondedores a un tratamiento con antagonistas de CCR5 más que demostrar una perfecta correlación con el ensayo fenotípico de TrofileTM. El re-análisis retrospectivo de los ensayos MOTIVATE43 ha demostrado que las herramientas genotípicas y el ensayo de TrofileTM son comparables en la predicción de respuesta a maraviroc a pesar de que la sensibilidad de las herramientas genotípicas utilizadas geno2pheno-5% y PSSM para detectar variantes X4-trópicas fue del 63 y 59%, respectivamente, comparado con TrofileTM. De la misma manera el re-análisis retrospectivo del ensayo MERIT44 logró demostrar la capacidad de la herramienta geno2pheno-5,75% para identificar pacientes respondedores y no-respondedores a maravicoc de forma similar a ESTA-TrofileTM a pesar de que de nuevo la sensibilidad de geno2pheno para detectar variantes X4-trópicas fue del 55% comparado con ESTA-TrofileTM. Recientemente, se han presentado estudios prospectivos en diferentes cohortes europeas en los que se ha valorado la respuesta a maraviroc en pacientes en los que su uso terapéutico fue basado en la determinación genotípica del tropismo viral. En general, los resultados derivados de estos estudios señalan tasas de respuesta a maraviroc superiores al 85% cuando los aislados de los pacientes eran clasificados genotípicamente como R5-trópicos45,46.

Las limitaciones de los ensayos fenotípicos y genotípicos para la determinación del tropismo viral se presentan en la tabla 6. Los datos actuales ponen de manifiesto la viabilidad de la utilización de determinadas herramientas genotípicas para la determinación del tropismo viral en la práctica clínica47. Por todo lo expuesto, diversas guías de manejo de la infección por VIH, como las españolas (http://www.gesida.seimc.org)16, europeas (www.europehivresistance.org) y británica (http://www.bhiva.org/Tropism.aspx)48, incluyen entre sus recomendaciones la posibilidad de determinar el tropismo del VIH mediante métodos genotípicos para guiar el uso terapéutico de los antagonistas de CCR5.

Tabla 6.

Ventajas e inconvenientes de los ensayos genotípicos y fenotípicos para la determinación del tropismo viral.

Limitaciones  Fenotipo  Genotipo 
Técnicas• La transcripción inversa in vitro (síntesis de una doble hebra de ADN a partir de ARN) tiene una eficiencia no superior al 10%  • La transcripción inversa in vitro (síntesis de una doble hebra de ADN a partir de ARN) tiene una eficiencia no superior al 10% 
• La eficiencia del proceso de generación del plásmido en el que se inserta la envuelta del paciente es variable. Las técnicas de clonaje son más eficaces que las de recombinación homóloga, y por tanto más sensible  • “Limitada” sensibilidad de la secuenciación poblacional para detectar variantes por debajo del 10-20% 
• La generación de virus de ciclo múltiple aumenta la sensibilidad frente a los sistemas de ciclo único, ya que las secuencias minoritarias se amplifican “biológicamente” en los ciclos de infección-reinfección y pueden ser detectadas con mayor eficacia  • Amplificación limitada a la región V3, sin tener en cuenta los determinantes contenidos en V1, V2 y C4 
De interpretación  • Determinación del umbral “clínico” que predice el éxito o el fracaso al tratamiento con antagonistas de CCR5  • Los sistemas de interpretación del tropismo viral están basados en datos pareados genotipo/fenotipo con un número relativamente bajo de secuencias y con escaso número de secuencias de subtipos no-B 
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Nota: sección acreditada por el SEAFORMEC. Consultar preguntas de cada artículo en: http://www.eslevier.es/eimc/formacion.

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