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Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (English Edition)
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Vol. 39. Issue 4.
Pages 184-187 (April 2021)
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Vol. 39. Issue 4.
Pages 184-187 (April 2021)
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DOI: 10.1016/j.eimce.2021.02.001
Evolution of intestinal microbiome in a process of faecal microbiota transplantation in a patient with Clostridioides difficile infection: NGS analysis with different bioinformatics software programs
Evolución del microbioma intestinal en un proceso de transferencia de microbiota fecal (TMF) en un paciente con infección por Clostridioides difficile: análisis por NGS con diferentes programas bioinformáticos
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María Paz Venteroa,
Corresponding author
maripazvm@gmail.com

Corresponding author.
, Noelia Espinosaa, Rodrigo Joverb, Yolanda Guillenc, Esperanza Merinod, Juan Carlos Rodrígueza,e
a Servicio de Microbiología. Hospital General Universitario de Alicante. Instituto de Investigación Sanitaria y Biomédica de Alicante-ISABIAL, Alicante, Spain
b Servicio Digestivo. Hospital General Universitario de Alicante. Instituto de Investigación Sanitaria y Biomédica de Alicante-ISABIAL, Alicante, Spain
c Universidad Oberta de Catalunya, Barcelona, Spain
d Unidad de Enfermedades infecciosas. Hospital General Universitario de Alicante. Instituto de Investigación Sanitaria y Biomédica de Alicante-ISABIAL, Alicante, Spain
e Departamento de Producción Vegetal y Microbiología. Universidad Miguel Hernández de Elche (Alicante), Elche, Spain
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Tables (1)
Table 1. Differentially abundant taxa found using the ANCOM, Gneiss, DESeq, EdgeR and LefSe algorithms. Those associated with the non-pathological state are marked in green and those associated with the pathological state in red.
Abstract
Introduction

Clostridioides difficile infection (CDI) has become a global healthcare challenge due to increases in its incidence and mortality rates. Faecal microbiota transfer (FMT) is postulated as a protocol to prevent CDI recurrence.

Material and methods

A donor faecal sample and patient faecal samples (pre-FMT and post-FMT) were analysed. The r16S gene was amplified and sequenced by NGS, and its diversity and taxonomy composition were examined.

Results

Microbial richness increased in post-FMT samples, and the β diversity studies grouped the samples into two clusters. One included the non-pathological samples (donor and pre-FMT samples), and the other included the pathological sample. The results obtained by Qiime2 and Bioconductor were similar.

Conclusion

The analysis showed an increase in taxonomic diversity after the FMT, which suggests its usefulness. Moreover, these results showed that standardisation of bioinformatics analysis is key.

Keywords:
Microbiota
Faecal microbiota transfer
NGS
Clostridioides difficile
Resumen
Introducción

La diarrea por Clostridioides difficile es un importante problema de salud pública, cuyo tratamiento es complejo. La transferencia de microbiota fecal (TMF) se postula como una terapia útil para prevenir recidivas.

Material y métodos

Se analizaron seis muestras fecales, una procedente del donante y cinco del paciente antes y después de la TMF. Se amplificó y secuenció el gen 16Sr mediante secuenciación masiva y se estudió la diversidad y composición taxonómica.

Resultados

La diversidad aumentó en las muestras post-TMF, y se identificaron dos clústeres, uno formado por las muestras no patológicas (donante y paciente post-TMF), y otro por la muestra patológica. Los resultados obtenidos a través Qiime2 y Bioconductor fueron similares.

Conclusión

El análisis realizado demostró un incremento en la diversidad taxonómica del paciente tras la TMF, sugiriendo su utilidad. Además, los resultados obtenidos con Qiime2 y Bioconductor reflejaron la importancia de unificar los análisis bioinformáticos.

Palabras clave:
Microbiota
Transferencia microbiota fecal
Secuenciación masiva
Clostridioides difficile

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