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Aspergillosis by cryptic Aspergillus species: A case series and review of the literature
Aspergilosis por especies crípticas de Aspergillus: serie de casos y revisión de la literatura
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Mariana Fernandez-Pittola,d,
Autor para correspondencia
mjfernandez@clinic.cat

Corresponding author.
, Izaskun Alejo-Canchoa, Elisa Rubio-Garcíaa,d, Celia Cardozob, Pedro Puerta-Alcaldeb, Estela Moreno-Garcíab, Nicole Garcia-Poutonb, Miriam Garridoa, Miriam Villanuevaa, Ana Alastruey-Izquierdoc, Cristina Pitarta,d, Carolina Garcia-Vidalb,e, Francesc Marcoa,d,e
a Department of Microbiology, Hospital Clinic, Barcelona, Spain
b Infectious Disease Department, Hospital Clinic of Barcelona, IDIBAPS, Barcelona, Spain
c Mycology Reference Laboratory, National Centre for Microbiology, Instituto de Salud Carlos III, Majadahonda, Spain
d ISGlobal, Barcelona, Institute for Global health, Universitat de Barcelona, Barcelona, Spain
e Universitat de Barcelona, Barcelona, Spain
Recibido 04 enero 2021. Aceptado 13 abril 2022
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Abstract
Background

The cryptic Aspegillus species are rare, these microorganisms are usually more resistant to common antifungal therapies. Therefore, a correct identification is important when evaluating the impact of such species in aspergillosis.

Aims

We aimed to describe the frequency, clinical and microbiological characteristics, and the outcomes of those cases of aspergillosis caused by cryptic species in a tertiary hospital.

Methods

We retrospectively identified all microbiologically documented cases of aspergillosis between January 2013 and December 2018. Definitive species identification of clinically significant isolates was achieved via sequencing methods. The polymerase chain reaction (PCR) products were sequenced, and the results obtained were compared to sequences deposited in GenBank. Antifungal susceptibility testing was performed using the Sensititre® YeastOne® panel.

Results

A total of 679 Aspergillus isolates were recovered from 489 patients, of which 109 were clinically relevant. Ten (9.2%) isolates were identified as cryptic species: Aspergillus arcoverdensis (2), Aspergillus lentulus (2), Aspergillus ellipticus (2), Aspergillus alliaceus (1), Aspergillus nomius (1), Aspergillus tubingensis (1) and Aspergillus montevidensis (1). Most patients already suffered some type of immunosuppression. Half of these patients had required intensive care before the infection showed up, and most of them had a pulmonary infection. Mortality at the 100-day follow-up was 40%. Antifungal susceptibility testing was performed on three of the isolates (A. arcoverdensis, A. tubingensis and A. nomius), which showed high minimum inhibitory concentrations (MIC) for azoles and amphotericin B.

Conclusions

The frequency of cryptic species in our centre was 9.2%. Most patients had some degree of immunosuppression, and the mortality rate was 40%.

Keywords:
Cryptic species
Aspergillus
Breakthrough fungal infection
Resistant fungi
Resumen
Antecedentes

Las especies crípticas dentro del género Aspergillus son poco habituales, pero suelen mostrar una mayor resistencia al tratamiento antifúngico convencional. Por tanto, una correcta identificación de la especie es necesaria para evaluar el impacto de estas especies crípticas en el desarrollo de la aspergilosis.

Objetivos

El objetivo de este estudio fue describir las características clínicas, epidemiológicas y microbiológicas, así como la evolución clínica, de los casos de aspergilosis por especies crípticas en un hospital de tercer nivel.

Métodos

Se analizaron de forma retrospectiva todos los casos documentados de aspergilosis con identificación microbiológica entre enero de 2013 y diciembre de 2018. La identificación definitiva de los aislamientos clínicos se realizó mediante métodos de secuenciación. Los productos de amplificación obtenidos por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) fueron secuenciados, y los resultados se analizaron utilizando la base de datos del GenBank. Para el análisis de susceptibilidad a los antifúngicos de los aislamientos identificados se utilizó el panel Sensititre® YeastOne®.

Resultados

Se identificaron un total de 679 aislamientos de Aspergillus de 489 pacientes, de los cuales un total de 109 eran clínicamente relevantes. Diez (9,2%) de los aislamientos correspondían a especies crípticas: Aspergillus arcoverdensis (2), Aspergillus lentulus (2), Aspergillus ellipticus (2), Aspergillus alliaceus (1), Aspergillus nomius (1), Aspergillus tubingensis (1) y Aspergillus montevidensis (1). La mayoría de los pacientes tenían algún tipo de inmunosupresión previa. La mitad de estos pacientes habían requerido de cuidados intensivos antes de la infección, y la mayoría sufría una infección pulmonar. La mortalidad a los 100 días de seguimiento fue del 40%. Se realizaron pruebas de sensibilidad a los antifúngicos en 3 de los aislamientos (A. arcoverdensis, A. tubingensis y A. nomius), que mostraron valores de concentración mínima inhibitoria (CMI) más altos para los azoles y la anfotericina B.

Conclusiones

La frecuencia de especies crípticas en nuestro centro fue del 9,2%. La mayoría de los pacientes tenía algún grado de inmunosupresión y la tasa de mortalidad fue del 40%.

Palabras clave:
Especies crípticas
Aspergillus
Infección fúngica de brecha
Hongos multirresistentes

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