Clade-dependent antifungal resistance and susceptibility in Candidozyma auris: A global scoping review

Abstract

Background

Candidozyma auris (formerly Candida auris) is an emerging multidrug-resistant fungal pathogen that has spread globally since its first identification in 2009 and is now classified as a critical-priority pathogen by the World Health Organization. Distinct genetic clades are associated with variations in geographic distribution, antifungal susceptibility, and resistance mechanisms; however, clade-specific evidence remains fragmented.

Aims

To systematically map global evidence on clade diversity, antifungal susceptibility patterns, resistance mechanisms, and clinical implications of C. auris.

Methods

A scoping review was conducted following PRISMA-ScR guidelines. Peer-reviewed primary studies published between 2009 and September 2025 were included if they reported clade attribution and antifungal susceptibility or resistance data. PubMed/MEDLINE, Scopus, and Web of Science were searched. Two reviewers independently screened studies and extracted data using a standardized form.

Results

Of 2050 records identified, 105 studies met inclusion criteria, representing 29 countries and diverse study designs. Whole-genome sequencing was the most common typing method. Antifungal susceptibility varied substantially across clades. High fluconazole resistance was consistently reported (MIC 4 to >256 μg/mL). Echinocandins generally retained activity, although reduced susceptibility associated with FKS1 mutations was observed. Resistance mechanisms primarily involved mutations in ERG11, FKS1, and efflux-related genes. Studies also reported challenges in healthcare-associated transmission, environmental persistence, and diagnostic misidentification.

Conclusions

C. auris exhibits marked clade-dependent variability in antifungal susceptibility and resistance mechanisms. These findings support the need for clade-informed interpretation of susceptibility data, standardized surveillance, improved diagnostics, and development of novel antifungal therapies.

Resumen

Antecedentes

Candidozyma auris (anteriormente Candida auris) es un patógeno fúngico emergente multirresistente que se ha propagado globalmente desde su primera identificación en 2009 y actualmente está clasificado como patógeno de prioridad crítica por la Organización Mundial de la Salud. Los distintos clados genéticos se asocian con variaciones en la distribución geográfica, la sensibilidad antifúngica y los mecanismos de resistencia; sin embargo, la evidencia específica por clado permanece fragmentada.

Objetivo

Mapear de forma sistemática la evidencia global sobre la diversidad de clados, los patrones de sensibilidad antifúngica, los mecanismos de resistencia y las implicaciones clínicas de Candidozyma auris.

Métodos

Se realizó una revisión exploratoria siguiendo las directrices PRISMA-ScR. Se incluyeron estudios primarios revisados por pares publicados entre 2009 y septiembre de 2025 que informaran sobre la asignación a clados y datos de sensibilidad o resistencia antifúngica. Se realizaron búsquedas en PubMed/MEDLINE, Scopus y Web of Science. Dos revisores evaluaron los estudios de forma independiente y extrajeron los datos mediante un formulario estandarizado.

Resultados

De 2050 registros identificados, 105 estudios cumplieron los criterios de inclusión, que abarcaron 29 países y diversos diseños de estudio. La secuenciación del genoma completo fue el método de tipificación más frecuente. La sensibilidad antifúngica mostró una variabilidad considerable entre clados. Se observaron altos niveles de resistencia al fluconazol (MIC de 4 a >256 μg/mL). Las equinocandinas mantuvieron su actividad en términos generales, aunque se describió sensibilidad reducida asociada a mutaciones en FKS1. Los mecanismos de resistencia implicaron principalmente mutaciones en ERG11, FKS1 y genes relacionados con el eflujo. Además, los estudios informaron también acerca de desafíos relacionados con la transmisión nosocomial, la persistencia ambiental y la identificación diagnóstica errónea.

Conclusiones

Candidozyma auris presenta una marcada variabilidad dependiente del clado en lo referente a la sensibilidad antifúngica y los mecanismos de resistencia. Estos hallazgos resaltan la importancia de interpretar los datos de sensibilidad teniendo en cuenta el clado, y subrayan la necesidad de vigilancia estandarizada, mejoras diagnósticas y el desarrollo de nuevas terapias antifúngicas.