Opportunistic identification of Li-Fraumeni syndrome through germline TP53 variant detection from routine tumour next-generation sequencing: An analysis of 1394 cases

Abstract

Background and objective

Evaluation of a hybrid strategy (bioinformatics and clinical) for detecting germline pathogenic variants in TP53 from routine tumour NGS, addressing clonal haematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) as a key confounding factor.

Material and methods

Retrospective analysis of 1394 cases (2019–2025). Initial filters: VAF >40%, population rarity, and ACMG pathogenicity classification. Candidate variants were further refined using the Chompret criteria, with germline confirmation via Sanger sequencing in peripheral blood.

Results

TP53 variants were identified in 576 (41%) cases. The bioinformatics pipeline initially flagged 222 suspected cases; clinical curation narrowed these to 14 high-suspicion cases. Of these, 12/14 (85.7%) underwent confirmatory testing, while two were lost to follow-up, introducing a verification bias that should be considered when interpreting the overall PPV. Three LFS diagnoses were confirmed (overall positive predictive value [PPV]: 21.4%; confirmation rate among tested: 25%), all in paediatric patients (two adrenocortical carcinomas and one osteosarcoma). Notably, this included a de novo case without a family history. Conversely, no adult cases were confirmed despite high VAFs, highlighting specificity issues in this demographic. The number needed to screen (NNS) to detect one LFS patient was 465.

Conclusions

Our findings underscore the clinical utility of this combined approach, particularly its high efficiency in the paediatric population where it identified a de novo case missed by classical criteria. However, its utility in unselected adults appears limited without orthogonal assays to exclude CHIP, suggesting that age-specific strategies are necessary for opportunistic screening.

Resumen

Introducción y objetivo

Evaluación de una estrategia híbrida (bioinformática y clínica) para detectar variantes germinales patogénicas en TP53 a partir de NGS tumoral de rutina, minimizando el factor de confusión de la hematopoyesis clonal (CHIP).

Material y métodos

Análisis retrospectivo de 1394 casos (2019-2025). Filtros iniciales: VAF >40%, rareza poblacional y patogenicidad ACMG. Los casos candidatos se refinaron mediante criterios de Chompret y se confirmaron mediante secuenciación Sanger en sangre periférica.

Resultados

Se identificaron variantes en TP53 en 576 (41%) casos. El filtrado bioinformático señaló 222 casos sospechosos, cifra que la revisión clínica redujo a 14 casos de alta sospecha. De estos, 12/14 (85,7%) se sometieron a confirmación en línea germinal; dos se perdieron durante el seguimiento, lo que introduce un sesgo de verificación que debe considerarse al interpretar el VPP global. Se confirmaron tres diagnósticos de LFS (valor predictivo positivo [VPP] global: 21,4%; tasa de confirmación en pacientes analizados: 25%), todos ellos pediátricos (dos carcinomas adrenocorticales y un osteosarcoma). Cabe destacar que esto incluyó un caso de novo sin antecedentes familiares. Por el contrario, no se confirmaron casos en adultos a pesar de presentar VAFs elevadas. El número necesario de pacientes a evaluar para detectar un paciente con LFS fue de 465.

Conclusiones

Nuestros hallazgos subrayan la utilidad clínica de este enfoque combinado, especialmente su alta eficiencia en la población pediátrica, donde permitió identificar un caso de novo omitido por criterios clásicos. Sin embargo, la utilidad en adultos no seleccionados es limitada si no se realizan pruebas adicionales para excluir CHIP, lo que sugiere la necesidad de estrategias diferenciadas por edad.