First identification of blaNDM-1 carbapenemase in blaOXA-94-producing Acinetobacter baumannii ST85 in Spain

Abstract

Introduction

NDM-1 carbapenemase is spreading rapidly all over the world, but this metallo-beta-lactamase has just been detected for the first time in an Acinetobacter baumannii (Ab) isolate of the ST85 clone in Spain. The aim of this study was to characterize a NDM-1-producing carbapenem-resistant A. baumannii (CR-Ab) isolate submitted to the Andalusian PIRASOA [infection prevention program] referral laboratory.

Methods

Carbapenemases were detected by PCR and Sanger DNA sequencing. Whole genome sequencing was performed by NGS (Miseq, Illumina). Resistance genes were identified with RESfinder, while MLSTfinder was used for sequence typing (ST). The genetic location of bla_NDM-1 was determined by nuclease S-1/PFGE/hybridization with specific probe.

Results

The isolate was susceptible to amikacin and tigecycline and belonged to the ST85 clone. bla_OXA-94 and bla_NDM-1 were identified by PCR and Sanger DNA sequencing, respectively. The resistance genes aadB, bla_ADC-25, bla_NDM-1, bla_OXA-94, msr(E), mph(E) and floR,sul2 were identified by NGS. The chromosome of the isolate contained a defective Tn125 transposon with bla_NDM-1 flanked by the insertion sequences ISAbA125 and ISAba14. The bla_NDM-1 gene was only detected in the chromosomal DNA.

Conclusion

This is the first time that bla_NDM-1 has been detected and characterized in a bla_OXA-94-producing CR-Ab isolate belonging to the ST85 clone in Spain.

Resumen

Introducción

La carbapenemasa NDM-1 se está diseminando rápidamente por todo el mundo, pero esta metalo-beta-lactamasa se detecta por primera vez en un aislado de A. baumannii del clon ST85 procedente de España. El objetivo de este estudio es caracterizar un aislado de A. baumannii resistente a carbapenémicos productor de NDM-1 remitido al laboratorio de referencia PIRASOA de Andalucía.

Métodos

La detección de carbapenemasas se realizó mediante PCR y secuenciación de ADN Sanger. La secuenciación del genoma completo se realizó mediante NGS (MiSeq, Illumina). La detección de genes de resistencia y el secuenciotipo (ST) se obtuvo mediante ResFinder y MLSTFinder, respectivamente. La localización de bla_NDM-1 se determinó utilizando el método de la nucleasa S1/PFGE/hibridación con sonda específica.

Resultados

El aislado era sensible a amikacina y tigeciclina, y pertenecía al clon ST85. Se identificaron las variantes bla_OXA-94 y bla_NDM-1, respectivamente, mediante PCR y secuenciación Sanger. Mediante secuenciación masiva se detectaron los genes de resistencia aadB, bla_ADC-25, bla_NDM-1, bla_OXA-94, msr(E), mph(E), floR y sul2. El aislado contenía en su cromosoma un transposón defectivo de tipo Tn125 con bla_NDM-1 flanqueado por las secuencias de inserción ISAbA125 y ISAba14. El gen bla_NDM-1 solo se detectó en el ADN cromosómico.

Conclusión

En este estudio se detecta y se caracteriza por primera vez en España bla_NDM-1 en un aislado de A. baumannii resistente a carbapenémicos productor de bla_OXA-94 y perteneciente al clon ST85.