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DOI: 10.1016/j.eimc.2019.03.008
Disponible online el 5 de Mayo de 2019
First identification of blaNDM-1 carbapenemase in blaOXA-94-producing Acinetobacter baumannii ST85 in Spain
Detección por primera vez en España de la carbapenemasa blaNDM-1 en Acinetobacter baumannii ST85 productor de blaOXA-94
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Felipe Fernández-Cuencaa,b,c,d,
Autor para correspondencia
felipefc@us.es

Corresponding author.
, Patricia Pérez-Palaciosa,b,c, Fátima Galán-Sánchezd, Lorena López-Cereroa,b,c,d, Inmaculada López-Hernándeza,b,c,d, Rafael López Rojasa,b,c,d, Jorge Arca-Suáreze, Paula Díaz-de Albaa,b,c, Manuel Rodríguez Iglesiase, Alvaro Pascuala,b,c,d
a Unidad Clínica de Enfermedades Infecciosas, Microbiología y Medicina Preventiva, Hospital Universitario Virgen Macarena, Sevilla, Spain
b Instituto de Biomedicina de Sevilla (IBiS), Sevilla, Spain
c Hospital Universitario Virgen Macarena/Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)/Universidad de Sevilla, Sevilla, Spain
d Spanish Network for Research in Infectious Diseases (REIPI; RD16/0016/0001), Spain
e Hospital Universitario Puerta del Mar, Servicio de Microbiología, Cádiz, Spain
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Recibido 26 noviembre 2018. Aceptado 08 marzo 2019
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Table 1. Relevant clinical features.
Table 2. MICs and resistome of the NDM-1 producing A. baumannii isolate.
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Abstract
Introduction

NDM-1 carbapenemase is spreading rapidly all over the world, but this metallo-beta-lactamase has just been detected for the first time in an Acinetobacter baumannii (Ab) isolate of the ST85 clone in Spain. The aim of this study was to characterize a NDM-1-producing carbapenem-resistant A. baumannii (CR-Ab) isolate submitted to the Andalusian PIRASOA [infection prevention program] referral laboratory.

Methods

Carbapenemases were detected by PCR and Sanger DNA sequencing. Whole genome sequencing was performed by NGS (Miseq, Illumina). Resistance genes were identified with RESfinder, while MLSTfinder was used for sequence typing (ST). The genetic location of blaNDM-1 was determined by nuclease S-1/PFGE/hybridization with specific probe.

Results

The isolate was susceptible to amikacin and tigecycline and belonged to the ST85 clone. blaOXA-94 and blaNDM-1 were identified by PCR and Sanger DNA sequencing, respectively. The resistance genes aadB, blaADC-25, blaNDM-1, blaOXA-94, msr(E), mph(E) and floR,sul2 were identified by NGS. The chromosome of the isolate contained a defective Tn125 transposon with blaNDM-1 flanked by the insertion sequences ISAbA125 and ISAba14. The blaNDM-1 gene was only detected in the chromosomal DNA.

Conclusion

This is the first time that blaNDM-1 has been detected and characterized in a blaOXA-94-producing CR-Ab isolate belonging to the ST85 clone in Spain.

Keywords:
A. baumannii
NDM-1
OXA-94
ST85
Resumen
Introducción

La carbapenemasa NDM-1 se está diseminando rápidamente por todo el mundo, pero esta metalo-beta-lactamasa se detecta por primera vez en un aislado de A. baumannii del clon ST85 procedente de España. El objetivo de este estudio es caracterizar un aislado de A. baumannii resistente a carbapenémicos productor de NDM-1 remitido al laboratorio de referencia PIRASOA de Andalucía.

Métodos

La detección de carbapenemasas se realizó mediante PCR y secuenciación de ADN Sanger. La secuenciación del genoma completo se realizó mediante NGS (MiSeq, Illumina). La detección de genes de resistencia y el secuenciotipo (ST) se obtuvo mediante ResFinder y MLSTFinder, respectivamente. La localización de blaNDM-1 se determinó utilizando el método de la nucleasa S1/PFGE/hibridación con sonda específica.

Resultados

El aislado era sensible a amikacina y tigeciclina, y pertenecía al clon ST85. Se identificaron las variantes blaOXA-94 y blaNDM-1, respectivamente, mediante PCR y secuenciación Sanger. Mediante secuenciación masiva se detectaron los genes de resistencia aadB, blaADC-25, blaNDM-1, blaOXA-94, msr(E), mph(E), floR y sul2. El aislado contenía en su cromosoma un transposón defectivo de tipo Tn125 con blaNDM-1 flanqueado por las secuencias de inserción ISAbA125 y ISAba14. El gen blaNDM-1 solo se detectó en el ADN cromosómico.

Conclusión

En este estudio se detecta y se caracteriza por primera vez en España blaNDM-1 en un aislado de A. baumannii resistente a carbapenémicos productor de blaOXA-94 y perteneciente al clon ST85.

Palabras clave:
A. baumannii
NDM-1
OXA-94
ST85

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