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Carta científica
DOI: 10.1016/j.eimc.2020.05.006
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Disponible online el 23 de Junio de 2020
Detección de virus respiratorios en pacientes con sospecha de infección por SARS-CoV-2
Detection of respiratory viruses in patients with suspected SARS-CoV-2 infection
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Jordi Reina
Autor para correspondencia
jorge.reina@ssib.es

Autor para correspondencia.
, Loreto Suarez, Paula Lara
Unidad de Virología, Hospital Universitario Son Espases, Palma, Mallorca, España
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El SARS-CoV-2 es considerado el virus causante de la actual pandemia de enfermedad respiratoria aguda (COVID-19), que se inició en la ciudad de Wuhan el 31 de diciembre de 2019. Las manifestaciones clínicas de la COVID-19 (fiebre, tos y disnea) se corresponden con otras muchas infecciones respiratorias agudas causadas por otros virus convencionales, aunque su morbimortalidad es muy superior. La aparición de este nuevo virus durante la época invernal y durante la circulación estacional de otros muchos virus respiratorios, principalmente la gripe y el VRS, dificulta inicialmente el realizar un diagnóstico clínico diferencial a pesar de los nexos epidemiológicos iniciales1. Por ello se ha recomendado inicialmente realizar la detección, además del SARS-CoV-2, de los otros virus respiratorios para conocer su participación etiológica en este grupo de pacientes1.

Se presenta un estudio prospectivo, realizado a partir de la segunda semana de marzo de 2020, sobre la detección de virus respiratorios en pacientes con sospecha clínica de infección por SARS-CoV-2 (COVID-19). La sintomatología mínima exigible era de fiebre >38°C y tos con algún antecedente epidemiológico geográfico o personal (contacto)1.

A cada paciente se le tomó un exudado nasofaríngeo que fue remitido al laboratorio en un medio de transporte para virus (VTM, Vircell, Granada). La detección del SARS-CoV-2 se realizó mediante una RT-PCR en tiempo real comercial que utiliza las secuencias correspondientes a los genes E, RpRd y N (Allplex™ 2019-nCoV Assay; Seegen, Corea del Sur)2,3. Los virus respiratorios se detectaron a partir de la misma muestra utilizando una RT-PCR múltiple en tiempo real comercial (Allplex™ Respiratory Assay; Seegen, Corea del Sur) que detecta de forma simultánea y diferencial 21 virus distintos.

En este estudio se han analizado 183 muestras consecutivas, de las cuales 48 (26,2%) fueron positivas a SARS-CoV-2 y 4 (2,1%) presentaron coinfección entre este virus y 2 rinovirus, un caso de gripe B y un caso de coronavirus OC43 (28,3% positivos a SARS-CoV-2). En 35 (19,1%) muestras solo se detectaron otros virus respiratorios: 13 rinovirus, 7 gripe A, 5 metaneumovirus, 3 gripe B, 3 coronavirus OC43, 2 enterovirus y 2 VRS-A. Las 96 (52,4%) muestras restantes fueron consideradas negativas (sin presencia de ningún virus). Globalmente el 47,6% de todas las muestras respiratorias fueron positivas a algún virus respiratorio.

Hay pocos estudios sobre la detección de otros virus respiratorios en los pacientes con sospecha de COVID-19. En el realizado por Bordi et al.4 en Italia sobre 126 pacientes tan solo detectan 3 casos de SARS-CoV-2 (2,4%) frente a los 48 (26,2%) de nuestro estudio. Este hecho se debe a que el estudio italiano se realizó al principio de la pandemia con una baja incidencia de infección por el nuevo coronavirus.

Este dato se corrobora con la detección en estos pacientes de un 28,5% de virus gripales, cuando en nuestro estudio se detectaron tan solo 11 casos de gripe (6%); probablemente debido a que nuestro estudio se realizó al final de la epidemia actual de gripe estacional. El porcentaje de muestras negativas en nuestro estudio ha sido del 52,4% frente al 44,4% del grupo italiano, pero debe mencionarse que ellos además de virus estudian la presencia de otras bacterias (5,6%). El estudio chino de Lin et al.5 comunica un 40,8% de negatividad frente a los otros virus respiratorios, considerando que un porcentaje no determinado podría estar causado por otros patógenos respiratorios.

Referente a las coinfecciones entre el SARS-CoV-2 y otros virus respiratorios, hemos detectado 4 pacientes (2,1%) frente al 4,8% del estudio italiano4. Los virus detectados en nuestro estudio son los mismos que los comunicados por Bordi et al.4, aunque ellos no han detectado ningún coronavirus OC43. Este virus es así mismo un beta-coronavirus, pero del subgrupo 2a, y por ello distante genéticamente del SARS-CoV-2 (Sarbecovirus 2b); por ello no creemos que se trate de una amplificación cruzada. Además, entre los casos positivos a otros virus y negativos al SARS-CoV-2 también hemos detectado 3 pacientes con infección por coronavirus OC43, el cual era prevalente en las infecciones respiratorias convencionales de la semana del estudio. En el estudio chino de Lin et al.5 sobre coinfecciones entre el SARS-CoV-2 y otros virus respiratorios detectan 18 pacientes (9,7%) con este tipo de infecciones, porcentaje superior al detectado en este estudio y en el italiano, aunque se realizó en China en la segunda semana de enero de 2020.

A partir de estos estudios preliminares parece que el SARS-CoV-2 se comportaría como el resto de virus respiratorios convencionales, es decir en un porcentaje variable (4-9%) se presentaría como coinfección. Por ello la detección inicial de gripe o VRS como proceso para descartar el COVID-19 no debería mantenerse. Frente a la sospecha de esta nueva infección, es ineludible descartar inicialmente este virus y posteriormente, si existe posibilidad, realizar la detección simultánea de los otros virus respiratorios.

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Euro Surveill, 25 (2020), pp. 20000170
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Lin D, Liu L, Zhang M, Hu Y, Yang Q, Guo J et al. Co-infections of Sars-CoV-2 with multiple common respiratory pathogens in infected patients. Sci China Life Sci. 2020;63:606-609.
Copyright © 2020. Elsevier España, S.L.U. and Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica
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