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Vol. 40. Núm. 9.
Páginas 520-522 (noviembre 2022)
Vol. 40. Núm. 9.
Páginas 520-522 (noviembre 2022)
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Aparición de novo de la mutación E484K en una variante del linaje B.1.1.7 de SARS-CoV-2
De novo emergence of the mutation E484K in a SARS-CoV-2 B.1.1.7 lineage variant
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Mikel Urrutikoetxea-Gutierreza,c,
Autor para correspondencia
mikel.j.urruti@gmail.com

Autor para correspondencia.
, Estibaliz Ugalde Zarragaa,c, Mikel Gallego Rodrigob,c, Jose Luis Díaz de Tuesta del Arcoa,c
a Hospital Universitario Basurto, Servicio de Microbiología Clínica, Bizkaia, España
b Hospital Universitario Cruces, Servicio de Microbiología Clínica, Bizkaia, España
c Grupo de Microbiología y Control Infección, Instituto Biocruces Bizkaia, Bizkaia, España
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Desde su primera descripción en diciembre de 20201, la variante de preocupación VOC-202112/01 (también conocida como linaje B.1.1.7, 20I/501Y.V1 o, recientemente, según la OMS, simplemente alpha2) del SARS-CoV-2ha ido extendiéndose por todo el mundo. En nuestra área geográfica se ha hecho predominante desde comienzos de marzo de 2021, representando en junio más del 90% de las nuevas infecciones3. Esto se debe principalmente a las mutaciones que esta variante acumula en el gen que codifica la espícula (gen S) especialmente en la zona de unión al receptor (RBD). Estas mutaciones, especialmente la mutación N501Y que comparte con las variantes de preocupación beta (B.1.351 o 20H/501Y.V2) y gamma (P.1 20J/501Y.V3), entre otras, se relacionan con un aumento de la afinidad de la unión de la espícula con la enzima convertidora de angiotensina II y un aumento de la transmisibilidad4. Estas dos últimas variantes comparten además la mutación E484K, también en el entorno del RBD, que podría relacionarse con cierto grado de escape a la acción de las vacunas5. Por ello, cuando aparecieron las primeras secuencias del linaje B.1.1.7 con la mutación E484K, las autoridades británicas las declararon variantes de preocupación VOC-202102/026; aunque el clúster en el que se enmarcaban esas variantes no parece haber sido tan exitoso y representa solamente el 0,225% de las secuencias del linaje B.1.1.7 incluidas en GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data).

Conforme al protocolo de cribado de variantes de nuestro centro, todas las muestras positivas para SARS-CoV-2 con Ct <32 se analizan empleando el kit Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay (Seegene, Corea) que detecta de forma simultánea las mutaciones H69/V70, E484K y N501Y. A finales de abril identificamos una muestra positiva a las 3 dianas estudiadas. Además de la muestra del paciente que presentaba las 3 mutaciones, se secuenciaron las muestras de los otros tres casos positivos del clúster familiar de los que el paciente había sido contacto estrecho y presentaban un perfil compatible con el linaje B.1.1.7 pero sin la mutación E484K. Para la secuenciación del genoma viral se empleó el panel Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panel (Thermo Fisher Scientific, USA)7. Las librerías fueron preparadas siguiendo las instrucciones del fabricante y se cargaron en un chip 540 y en la plataforma Ion GeneStudio™ S5 (Thermo Fisher Scientific, USA). El genoma se ensambló mediante el plugin IRMA8 y se comprobó su consistencia mediante el programa Integrative Genomics Viewer (IGV)9. Además, se empleó la webApp Nextstrain10 tanto para la asignación del clado como para la visualización de las mutaciones. Las secuencias obtenidas mediante secuenciación masiva confirmaron los resultados de las técnicas de cribado de variantes por PCR. La muestra problema presentaba la mutación G23012A que condiciona el cambio de aminoácido en el gen S E484K. Ninguna de las otras tres muestras presentaba esa mutación en el ensamblado, además las lecturas de A en la posición 23012 representaban menos del 1% de las lecturas en cada una de las muestras. Exceptuando la mutación G23012A, las cuatro cepas del clúster familiar eran idénticas y tenían tanto las mutaciones características del linaje B.1.1.7 como algunas propias (ver tabla 1).

Tabla 1.

Cobertura de las mutaciones presentes en el clúster familiar

  Muestra Problema  Familiar 1  Familiar 2  Familiar 3 
C241T  2935  7356  4892  3110 
C913T  5499  10533  7634  5110 
C3037T  6899  10817  8752  8597 
C3267T  1870  6997  4489  3645 
C4464T  7318  13962  8950  5797 
A5041G  3407  6980  4543  2567 
C5388A  4309  8448  5309  3474 
G5763A  7673  12951  9983  10079 
C5986T  2074  3458  1213  449 
T6954C  2822  7202  3136  933 
11288-11297  6911  11107  8345  7157 
C11668T  5339  7078  3973  2795 
C12439T  6903  11349  7622  6920 
C14407T  4004  6209  3489  2521 
C14408T  4006  6230  3496  2525 
C14676T  5486  8911  6115  4265 
T15096C  3185  5267  3462  3199 
C15279T  1811  6655  4096  2838 
T16176C  6050  11721  8117  9837 
C18647T  2354  6501  4085  3055 
21766-21772  5587  6261  5807  5072 
21994-21997  7153  7985  6569  5075 
G23012A  8771       
A23063T  2137  5422  4300  1691 
C23271A  4375  7485  6071  5999 
A23403G  13281  16004  13387  13398 
C23604A  9736  12985  11754  14791 
C23709T  7735  11037  9594  7600 
T24506G  14234  17157  15581  13242 
G24914C  9398  14695  11772  7804 
C27972T  25717  28812  39283  27683 
G28048T  25829  28835  39267  27589 
A28095T  12218  16000  19763  6728 
A28111G  12192  15990  19727  6687 
28274  9517  11135  18433  8315 
G28280C  10624  12112  19790  8916 
A28281T  10686  12175  19865  8933 
T28282A  10689  12181  19875  8936 
C28320T  10853  12294  20071  9036 
G28881A  6831  10521  12661  5721 
8882A  6840  10531  12673  5728 
G28883C  6841  10531  12673  5728 
C28977T  6715  10284  12336  5378 

Pese a pertenecer al linaje B.1.1.7 y presentar además la mutación E484K, la secuencia de nuestra muestra no compartía el resto de las mutaciones características de la VOC-202102/02 por lo que se trataba probablemente de una aparición de esta mutación independiente a las encontradas en febrero de 2021 en el Reino Unido, de forma similar a otras apariciones sincrónicas de esta mutación. En este caso, la cadena de transmisión epidemiológica es bastante clara, ya que la infección del paciente con la mutación E484K es la que aparece de forma más tardía: una semana posterior al resto y cuando el paciente se encontraba en aislamiento desde hacía seis días por ser contacto estrecho de caso confirmado, por lo que, probablemente, esta mutación apareció de novo, bien en el propio paciente o bien en cualquiera de los otros tres integrantes del clúster tras la toma de sus respectivas muestras. Afortunadamente, el paciente no tuvo contactos estrechos posteriores y tampoco se han observado nuevas variantes pertenecientes al linaje B.1.1.7 con la mutación E484K en los cribados diarios realizados en nuestra organización sanitaria.

Referencias
[1]
A. Rambaut, N. Loman, O. Pybus, W. Barclay, J. Barrett, A. Carabelli, et al.
Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations - SARS-CoV-2 coronavirus /nCoV-2019 Genomic Epidemiology [Internet].
Virological., (2020),
[2]
Tracking SARS-CoV-2 variants [Internet]. [citado 6 de junio de 2021]. Disponible en: https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants.
[3]
COVID19_Actualizacion_variantes_20210531.pdf [Internet]. [citado 6 de junio de 2021]. Disponible en: https://www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/nCov/documentos/COVID19_Actualizacion_variantes_20210531.pdf.
[4]
N.G. Davies, S. Abbott, R.C. Barnard, C.I. Jarvis, A.J. Kucharski, J.D. Munday, et al.
Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England.
Science., 372 (2021), pp. eabg3055
[5]
W.F. Garcia-Beltran, E.C. Lam, St.K. Denis, A.D. Nitido, Z.H. Garcia, B.M. Hauser, et al.
Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity.
Cell., 184 (2021), pp. 2372-2383
[6]
Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_6_England-1.pdf [Internet]. [citado 6 de junio de 2021]. Disponible en: https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/961299/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_6_England-1.pdf.
[7]
F. Alessandrini, S. Caucci, V. Onofri, F. Melchionda, A. Tagliabracci, P. Bagnarelli, et al.
Evaluation of the Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 research panel by massive parallel sequencing.
Genes (Basel)., 11 (2020), pp. 929
[8]
S.S. Shepard, S. Meno, J. Bahl, M.M. Wilson, J. Barnes, E. Neuhaus.
Viral deep sequencing needs an adaptive approach: IRMA, the iterative refinement meta-assembler.
BMC Genomics., 17 (2016), pp. 708
[9]
J. Robinson, H. Thorvaldsdóttir, W. Winckler, M. Guttman, E.S. Lander, G. Getz, et al.
Integrative genomics viewer.
Nat Biotechnol, 29 (2011), pp. 24-26
[10]
J. Hadfield, C. Megill, S.M. Bell, J. Huddleston, B. Potter, C. Callender, et al.
Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution.
Bioinformatics., 34 (2018), pp. 4121-4123
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