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Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (English Edition)
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Microbiological diagnosis of bacteraemia and fungaemia: Blood cultures and molecular methods
Diagnóstico microbiológico de la bacteriemia y la fungemia: hemocultivos y métodos moleculares
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María Remedio Guna Serranoa, Nieves Larrosa Escartínb, Mercedes Marín Arriazac, Juan Carlos Rodríguez Díazd,
Corresponding author
rodriguez_juadia@gva.es

Corresponding author.
a Servicio de Microbiología, Consorcio Hospital General Universitario de Valencia, Valencia, Spain
b Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Vall d’Hebron, Barcelona, Spain
c Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Madrid, Spain
d Servicio de Microbiología, Hospital General Universitario de Alicante, Instituto Sanitario y Biomédico de Alicante (ISABIAL), Alicante, Spain
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Table 1. Methodology to be followed for collecting a blood culture.
Table 2. Available commercial systems for the detection of bacteraemia and fungaemia.
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Abstract
Objective

In this review we try to update the new procedures applicable in the microbiological diagnosis of bacteriemia and fungemias.

Method

Review of scientific literature.

Results and conclusions

After defining the process and indicating its fundamental principles, the main biomarkers used in clinical practice are reviewed. Subsequently, the particularities of the pre-analytical phase (collection and transport of samples) are highlighted and the steps to follow for the microbiological identification by classical methods are detailed, based on the culture of the blood samples. In the following section, we review the diagnostic methods not culture based, including those that detect the presence of the genome of the microorganism and those based on the study of proteome by mass spectrometry. The last section describes the procedures more frequently used for the study of antibiotic susceptibility, both by phenotypic and genotypic methods.

Keywords:
Bacteraemia
Fungaemia
Microbiological diagnosis
Blood cultures
Resumen
Objetivo

En esta revisión se pretende actualizar los nuevos procedimientos aplicables en el diagnóstico microbiológico de las bacteriemias y fungemias.

Método

Revisión de la literatura científica.

Resultados y conclusiones

Tras definir el proceso e indicar sus principios fundamentales, se revisan los principales biomarcadores utilizados en la práctica clínica. Posteriormente, se resaltan las particularidades de la fase preanalítica (recogida y transporte de las muestras) y se detallan los pasos a seguir para la identificación microbiológica por métodos clásicos, basados en el cultivo de las muestras de sangre. En el siguiente apartado, se revisan los métodos diagnósticos no basados en el cultivo, incluyendo los que detectan la presencia del genoma del microorganismo y los basados en el estudio del proteoma mediante espectrometría de masas. En el último apartado se describen los procedimientos a seguir para el estudio de la sensibilidad antibiótica, tanto por métodos fenotípicos como genotípicos.

Palabras clave:
Bacteriemia
Fungemia
Diagnóstico microbiológico
Hemocultivos

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