Optimization and adaptation of the diagnostic capacity for the performance of large volumes of SARS-CoV-2 RT-PCR

Abstract

Introduction

In the present manuscript we describe the planning carried out in our hospital to adapt our diagnostic capability to perform large numbers of SARS-CoV-2 RT-PCR.

Methods

The analysis and prediction of workflow included the number of RT-PCR per week from the beginning of the pandemic, with a total of 31971 determinations. The planning phase was developed based on the different scenarios previously predicted.

Results

According to the predictions obtained, an automated custom solution was chosen, based on the use of the OT-2 open-source liquid-handling robots (Opentrons), to design a reproducible workflow that achieved a production capacity of 5640 samples/day, with a time of response of four hours per procedure.

Conclusions

The analysis and prediction of workflow, along with the use of the robotic platforms OT-2, provided a robust structure to deal with the high demand of determinations that this pandemic requires.

Resumen

Introducción

Este artículo describe la planificación efectuada para adecuar la capacidad diagnóstica de grandes volúmenes de RT-PCR de SARS-CoV-2.

Métodos

El análisis y predicción del flujo de trabajo incluyó el número de RT-PCR desde el inicio de la pandemia, con 31971 registros. La planificación de la capacidad y de las opciones diagnósticas se planteó en base a los posibles escenarios derivados de las predicciones efectuadas.

Resultados

De acuerdo con las predicciones obtenidas, se optó por una solución automatizada basada en el empleo de robots OT-2 (Opentrons) para configurar un flujo de trabajo reproducible, que logró una capacidad de procesamiento de 5.640 muestras/día, con un tiempo de respuesta de cuatro horas.

Conclusiones

El análisis y predicción del flujo de trabajo, unido al empleo de plataformas basadas en OT-2, proporciona una infraestructura robusta que permite atender con éxito las demandas de prueba que exige esta pandemia.